染色体免疫共沉淀CHIP PPT课件.ppt

染色体免疫共沉淀CHIP_PPT课件Chromatin Immunoprecipitation(ChIP) Assay
染色质免疫沉淀实验
前言
基因表达是一个十分复杂而有序的过程,它是众多的反式因子和顺式作用元件之间相互作用的结果。与原核生物不同,真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。因此,研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核基因表达机制的基本途径。
常用的研究蛋白质与DNA相互作用的方法
(EMSA)
Ⅰ足迹法(foot printing)
(CHIP)
凝胶电泳迁移率改变分析(EMSA)
在凝胶电泳中,由于电场的作用,小分子DN***段比其结合了蛋白质的DN***段向阳极移动的速度快,因此,可标记短的双链DN***段,将其与蛋白质混合,对混合物进行凝胶电泳,若目的DNA与特异性蛋白质结合,其向阳极移动的速度受到阻滞,对凝胶进行放射性自显影,就可找到DNA结合蛋白。由于其特异性好,DNA迁移率变动试验常用来鉴定其他方法筛选出的结果
DNaseⅠ足迹法(foot printing)
蛋白结合在DN***段上,保护结合部位不被DNase破坏,这样,蛋白质在DN***段上留下了“足迹”,在电泳凝胶的放射性自显影图片上,相应于蛋白质结合的部位没有放射性标记条带。
凝胶电泳迁移率改变分析(EMSA)与DNaseⅠ足迹法均为研究体外DNA与蛋白质相互作用的方法,但不能直接对体内的DNA与蛋白质相互作用进行研究。而CHIP是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。
CHIP原理
在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DN***段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。