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非小细胞肺癌疗效相关的egfr基因突变的快速检测的制作方法.docx


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】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。非小细胞肺癌疗效相关的egfr基因突变的快速检测的制作方法专利名称:非小细胞肺癌疗效相关的egfr基因突变的快速检测的制作方法技术领域:本发明涉及生物技术和医学领域,更具体的,本发明涉及非小细胞肺癌疗效相关的EGFR基因突变的快速检测。背景技术:肺癌是最常见的肺原发性恶性肿瘤,近几十年来,世界各国特别是工业发达国家,肺癌的发病率和病死率均迅速上升,男性肺癌占各种癌病死因第一位,女性则仅次于乳腺癌占第二位。按传统的组织病理学分类,肺癌可大致划分为小细胞肺癌(smallcelllungcancer,SCLC)和非小细胞肺癌(nonsmallcelllungcancer,NSCLC)。其中NSCLC约占肺癌患者总数的三分之二。到目前为止,治疗NSCLC的方法仍以外科手术为主,但因早期诊断上的困难,几十年来生存率问题并没有获得根本的改善(SchillerJH.,Oncology,2001,61(Suppl1)3-13;SridharSS,SeymourL,ShepherdFA.,LancetOncol,2003,4(7)397-406)。表皮生长因子受体(epidermalgrowthfactorreceptor,EGFR)是一种受体型酪氨酸激酶,由其介导的信号传导功能的增强是人类多种癌症包括NSCLC重要发病机理之一,因此成为一个最有潜力的肿瘤治疗靶标(JorissenRN,WalkerF,PouliotN等,Epidermalgrowthfactorreceptormechanismsofactivationandsignaling[J].ExpCellRes,2003,284(1)31-53.)。Iressa(学名gefitinib,易瑞沙)及Tarceva(学名erlotinib,它赛瓦)就是针对这一靶标设计的新型口服抗癌药物,分别由AstraZeneca及Roche公司生产上市。其临床应用使许多的NSCLC患者受益(FukuokaM等,JClinOncol,2003,21(12)2237-2246;KrisMG等,JAMA,2003,290(16)2149-2158;WakelingAE等,CancerRes,2002,62(20)5749-5754)。但并非所有的NSCLC患者都能从中受益,其有效率与患者种族、性别、吸烟史、癌细胞类型等因素有关。但最新研究显示,这两种药物的疗效与NSCLC组织中EGFR基因外显子18、19、20、21上的功能突变呈正相关(LynchTJ等,NEnglJMed,2004,350(21)2129-2139;PaezJG等,Science,2004,304(5676)1497-1500;ShigematsuH等,JournaloftheNationalCancerInstitute,2004,97(5)339-346)。因此,检测相关EGFR功能性突变,可准确预测此两种药物的疗效。目前检测该类突变的方法限于对肺癌组织中EGFR基因相关突变位点区域DNA进行测序。但因其检测周期长、检测过程复杂及所需仪器设备昂贵,难以广泛应用到临床。其过程包括肺癌组织基因组DNA提取(3小时),目标DN***段的PCR扩增(3小时),测序反应及产物纯化(5小时),凝胶电泳(依所用测序仪,3-9小时),序列分析(1小时)。存在的问题(1)检测周期长,从收到待检样品到顺利完成检测发出报告,需要连续的15-21小时。如以正常工作时间进行检测,实际至少需要3个工作日才能发出检测结果报告,因此,难以满足指导临床用药时效性的要求。(2)检测过程复杂,对检测人员的技术要求高,如检测人员缺乏丰富的DNA测序知识和经验很容易导致检测失败。(3)测序法所用仪器设备昂贵,临床广泛应用有困难。因此,目前迫切需要开发一种快速、准确、操作简便及对设备要求低的肺癌组织中EGFR基因突变检测技术,来改变现有状况,从而满足临床用药的时效性要求。发明内容本发明的目的在于提供一种可用于检测非小细胞肺癌疗效相关的EGFR基因突变的试剂盒。本发明的目的还在于提供一种快速、准确、操作简便及对设备要求低的肺癌组织中EGFR基因突变检测方法。在本发明的第一方面,提供一种用于检测非小细胞肺癌药物疗效相关的EGFR基因突变的试剂盒,所述的试剂盒包括容器以及装于容器中的以下引物探针组合体(a)组合体1SEQIDNO11所示的正向引物+SEQIDNO12所示的反向引物+SEQIDNO1所示的野生型探针+SEQIDNO2所示的突变型探针;(b)组合体2SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO4所示的突变型探针;(c)组合体3SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO5所示的突变型探针;以及(d)组合体4SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO6所示的突变型探针。在本发明的另一优选例中,所述的试剂盒中还包括以下的引物探针组合体中的一种或多种(e)组合体5SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO7所示的突变型探针;(f)组合体6SEQIDNO15所示的正向引物+SEQIDNO16所示的反向引物+SEQIDNO8所示的野生型探针+SEQIDNO9所示的突变型探针;或(g)组合体7SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO10所示的突变型探针。在本发明的另一优选例中,所述的野生型探针的5’端连接有第一荧光发射基团,3’端连接有荧光淬灭基团;所述的突变型探针的5’端连接有第二荧光发射基团,3’端连接有荧光淬灭基团。在本发明的另一优选例中,在所述的组合体中,引物和探针的比例为2∶1-10∶1。在本发明的另一优选例中,在所述的组合体中,两种引物之间的比例为1∶3-3∶1;或两种探针之间的比例为1∶3-3∶1。在本发明的另一优选例中,所述的第一荧光发射基团选自FAM、TET、VIC、或HEX;所述的第二荧光发射基团选自FAM、TET、VIC、或HEX;第一荧光发射基团不同于第二荧光发射基团。在本发明的另一优选例中,所述的荧光淬灭基团选自TAMRA。在本发明的另一优选例中,所述的药物为Iressa(学名gefitinib,易瑞沙),或Tarceva(学名erlotinib,它赛瓦)。在本发明的第二方面,提供一种检测非小细胞肺癌药物疗效相关的EGFR基因外显子上的位点突变的方法,所述的方法包括以下步骤(1)以待测非小细胞肺癌组织样品的基因组DNA为模板,使用以下组合体中的引物和探针,分别进行PCR反应(a)组合体1SEQIDNO11所示的正向引物+SEQIDNO12所示的反向引物+SEQIDNO1所示的野生型探针+SEQIDNO2所示的突变型探针;该组合体对应于EGFR基因21外显子,2573位点T→G突变(2573T→G);(b)组合体2SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO4所示的突变型探针,该组合体对应于EGFR基因19外显子,2235-2249位点缺失突变(2235-2249del);(c)组合体3SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO5所示的突变型探针,该组合体对应于EGFR基因19外显子,2240-2257位点缺失突变(2240-2257del);以及(d)组合体4SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO6所示的突变型探针,该组合体对应于EGFR基因19外显子,2240-2254位点缺失突变(2240-2254del);各组合体中,所述的野生型探针的5’端连接有第一荧光发射基团,3’端连接有荧光淬灭基团;所述的突变型探针的5’端连接有第二荧光发射基团,3’端连接有荧光淬灭基团;(2)检测对应于各组合体的PCR反应产物中的荧光信号,判断所测非小细胞肺癌组织样品的EGFR基因外显子上目标位点的基因型;当PCR反应产物中产生荧光信号,并且所述的荧光信号为第一荧光发射基团形成的荧光信号,则待测样品的EGFR基因中对应于该组合体的位点为野生型;当PCR反应产物中产生荧光信号,并且所述的荧光信号为第二荧光发射基团形成的荧光信号,则待测样品的EGFR基因中对应于该组合体的位点为突变型;当PCR反应产物中产生荧光信号,并且所述的荧光信号含有第一荧光发射基团形成的荧光信号和第二荧光发射基团形成的荧光信号,则待测样品的EGFR基因中对应于该组合体的位点为野生型和突变型的杂合子。在本发明的另一优选例中,在步骤(1)中,还使用以下引物探针组合体中的引物和探针进行PCR反应(e)组合体5SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO7所示的突变型探针;该组合体对应于EGFR基因19外显子,2238-2255位点缺失突变(2238-2255del);(f)组合体6SEQIDNO15所示的正向引物+SEQIDNO16所示的反向引物+SEQIDNO8所示的野生型探针+SEQIDNO9所示的突变型探针;该组合体对应于EGFR基因18外显子,2155位点G→A突变(2155G→A);或(g)组合体7SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO10所示的突变型探针;该组合体对应于EGFR基因19外显子,2237-2251位点缺失突变(2237-2251del)。在本发明的第三方面,提供一种组合物的用途,用于制备检测非小细胞肺癌药物疗效相关的EGFR基因突变的试剂盒,所述的组合物选自以下引物探针组合体(a)组合体1SEQIDNO11所示的正向引物+SEQIDNO12所示的反向引物+SEQIDNO1所示的野生型探针+SEQIDNO2所示的突变型探针;(b)组合体2SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO4所示的突变型探针;(c)组合体3SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO5所示的突变型探针;(d)组合体4SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO6所示的突变型探针;(e)组合体5SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO7所示的突变型探针;(f)组合体6SEQIDNO15所示的正向引物+SEQIDNO16所示的反向引物+SEQIDNO8所示的野生型探针+SEQIDNO9所示的突变型探针;或(g)组合体7SEQIDNO13所示的正向引物+SEQIDNO14所示的反向引物+SEQIDNO3所示的野生型探针+SEQIDNO10所示的突变型探针。在本发明的另一优选例中,所述的药物为Iressa(学名gefitinib,易瑞沙),或Tarceva(学名erlotinib,它赛瓦)。本发明的其它方面由于本文的公开内容,对本领域的技术人员而言是显而易见的。图1显示了待检测突变位点各种基因型标准品的构建与制备流程。图2显示了用TaqMan方法检测EGFR2573T→G点突变测试结果。其中,WW为野生型纯合子阳性标准品,WV为野生型与突变型杂合子阳性标准品,VV为突变型纯合子阳性标准品。NTC为无模板阴性对照(NoTemplateControl)。图3显示了用TaqMan方法检测EGFR2235D15缺失突变测试结果。其中,WW为野生型纯合子阳性标准品,WV为野生型与突变型杂合子阳性标准品,VV为突变型纯合子阳性标准品。NTC为无模板阴性对照。图4显示了用TaqMan方法检测EGFR2240D18缺失突变测试结果。其中,WW为野生型纯合子阳性标准品,WV为野生型与突变型杂合子阳性标准品,VV为突变型纯合子阳性标准品。NTC为无模板阴性对照。图5显示了用TaqMan方法检测EGFR2240D15缺失突变测试结果。其中,WW为野生型纯合子阳性标准品,WV为野生型与突变型杂合子阳性标准品,VV为突变型纯合子阳性标准品。NTC为无模板阴性对照。图6显示了用TaqMan方法检测EGFR2238D18缺失突变测试结果。其中,WW为野生型纯合子阳性标准品,WV为野生型与突变型杂合子阳性标准品,VV为突变型纯合子阳性标准品。NTC为无模板阴性对照。图7显示了用TaqMan方法检测EGFR2155G→A点突变测试结果。其中,WW为野生型纯合子阳性标准品,WV为野生型与突变型杂合子阳性标准品,VV为突变型纯合子阳性标准品。NTC为无模板阴性对照。图8显示了用TaqMan方法检测EGFR2237D15缺失突变测试结果。其中,WW为野生型纯合子阳性标准品,WV为野生型与突变型杂合子阳性标准品,VV为突变型纯合子阳性标准品。NTC为无模板阴性对照。图9显示了两种方法检测EGFR2573T→G点突变结果对照。其中,A为TaqMan方法;B为测序法。图10显示了两种方法检测EGFR2235D15缺失突变结果对照。其中,A为TaqMan方法;B为测序法。具体实施例方式本发明人针对目前现有技术中对肺癌组织中EGFR基因相关突变位点区域DNA进行测序时检测周期长、检测过程复杂等问题,经过广泛而深入的研究,设计出一套TaqMan引物和探针,从而通过荧光定量PCR技术快速准确地检出NSCLC中与Iressa和Tarceva疗效相关的包括单个核苷酸替换及小片段缺失在内的EGFR基因突变。基于此完成了本发明。基本原理本发明的方法基本原理是TaqMan荧光技术,即以TaqMan荧光探针为基础。TaqMan荧光探针为一种寡核苷酸,其两端分别标记一个荧光发射基团和一个荧光淬灭基团。当探针完整时,荧光发射基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收;PCR扩增时,Taq酶的5’-3’外切酶活性将探针酶切降解,使荧光发射基团和荧光淬灭基团分离,从而通过荧光检测系统可接受到荧光信号,即每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,即荧光信号的累计与PCR产物形成的完全同步,从而实现定性和定量。Iressa及Tarceva药物疗效Iressa及Tarceva是两种目前对于部分NSCLC患者治疗最有效的药物。并且,该两种药物的疗效与NSCLC组织中EGFR基因外显子18、19、20、21上的功能突变呈正相关。研究发现,在

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  • 时间2024-04-13