下载此文档

长链扣手探针的生物合成方法.docx


文档分类:医学/心理学 | 页数:约11页 举报非法文档有奖
1/11
下载提示
  • 1.该资料是网友上传的,本站提供全文预览,预览什么样,下载就什么样。
  • 2.下载该文档所得收入归上传者、原创者。
  • 3.下载的文档,不会出现我们的网址水印。
1/11 下载此文档
文档列表 文档介绍
该【长链扣手探针的生物合成方法 】是由【开心果】上传分享,文档一共【11】页,该文档可以免费在线阅读,需要了解更多关于【长链扣手探针的生物合成方法 】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。长链扣手探针的生物合成方法专利名称:长链扣手探针的生物合成方法技术领域:本发明涉及基因工程领域,尤其涉及ー种长链扣手探针的生物合成方法。背景技术:扣手探针(Padlockprobes)又称为开环探针(Opencircleprobes),其与生物芯片技术结合,现在已发展出一种高通量的单核苷酸多态性(SinglenucleotidepolymorphismsSNP)分型技术。SNP是人类遗传多样性中最广泛存在的多样性,这些分子遗传上的变化与人类的健康和疾病密切相关。开环探针就是没有闭合的环形探针,是一条5’末端被磷酸化的寡聚核苷酸,其5’末端和3’末端各有长度为15-20nt(核苷酸)的序列与模板序列互补配对,3’末端带有ー个等位基因特异的碱基,当与互补序列完美配对后,在T4DNA连接酶的作用下,其5’末端与3’末端被连接形成环形的分子,不能与互补序列完美配对的开环探针不能环化,依然保持开环状态。目前,扣手探针的合成主要有两种方法ー种是化学合成,另ー种是基于PCR(Polymerasechainreaction)的酶法合成。基于扣手探针与生物芯片的SNP分型技术要求高质量的扣手探针,这种扣手探针除了序列没有错误之外,还要求完整的5’末端与3’末端,并且扣手探针长度在IOOnt以上。化学合成5’端磷酸化的长链扣手探针所面临的障碍主要是第一,化学合成的质量与产量随着扣手探针的长度的增加而降低,在化学合成中,每ー步的合成效率大约是99%,因此,对于含有150个核苷酸的扣手探针,=;第二,随着扣手探针长度的増加,其纯化的难度也上升。现有的PAGE与HPLC纯化方法是根据寡核苷酸的长度来纯化的,随着寡核苷酸长度的増加,全长寡核苷酸与缺失1-2个核苷酸的非全长的寡核苷酸通过PAGE或者HPLC纯化方法很难完全分开,同时也不能区分出现合成错误的全长的寡核苷;第三,随着扣手探针长度的増加,其出现的ニ级结构可能性也加大,而ニ级结构也降低PAGE和HPLC的纯化效率;第四,化学合成长链扣手探针的成本很高。而基于PCR法合成的扣手探针,其主要缺点是合成量小,大量合成成本极高,同时,部分探针的3’末端不完整。因此,寻求新的合成长链扣手探针是ー种必然。发明内容本发明的ー个目的是提供长链扣手探针生物合成方法。本发明提供的方法,包括如下步骤A、在扣手探针主体片段两端分别添加与待测基因5’端互补的DN***段I和与待测基因3’端互补的DN***段2,得到探针前体;所述DN***段I的5'末端含有双链DNA限制性内切酶MlyI识别位点,所述DN***段2的3';所述扣手探针主体片段为如下I或II:I的核苷酸序列为序列表中序列I自5’末端第24-125位寡核苷酸;II的核苷酸序列为序列表中序列2自5’末端第24-125位寡核苷酸;B、将步骤A)得到的探针前体插入pOCP载体的多克隆位点间,得到重组载体;C、)得到的重组载体,即得到扣手探针。步骤A)中,所述在扣手探针主体片段两端分别添加与待测基因5’端互补的DN***段I和与待测基因3’端互补的DN***段2的方法包括如下步骤I)将探针主体片段拆分成如下24nt-52nt的小片段,AGTAGAGGTGGTCAGGCAATG;TTTGTAG;Tag_7897TGCGTCGGTAGAATGAGGTATTGTGGGTACTGGGTCTGAACTACAAAGGGAG;AGTAGAGGTGGTCAGGCAATG;TTTGTAG;2)、Link_Aspl、Tag_7897,得到探针主体片段I的互补片段(探针主体片段I的互补片段与探针主体片段I反向互补);、Link_Asp2、Tag_7897,得到探针主体片段II的互补片段(探针主体片段II的互补片段与探针主体片段II反向互补);3)以探针主体片段I的互补片段为模板,7897A_F1和7897A_R1为引物,进行PCR扩增,得到第一轮PCR产物,以第一轮PCR产物为模板,7897A_F2和7897A_R2为引物,进行PCR扩增,得到PCR产物1,即为探针前体I;或以探针主体片段II的互补片段为模板,7897A_F1和7897A_R1为引物,进行PCR扩增,得到第一轮PCR产物,以第一轮PCR产物为模板,7897A_F2和7897G_R2为引物,进行PCR扩增,得到PCR产物2,即为探针前体2;;所述7897A_R1的核苷酸序列如下所示GAAAGCTGTGAAAGGTGCGTCGGTAGAATG;TAGTCTITCTCGITCTGGCTTAG;所述7897A_R2的核苷酸序列如下所示GCAGTGAGAGCGGAAAGCTGTGAAAGG;所述7897G_R2的核苷酸序列如下所示GCAGTGGGAGCGGAAAGCTGTGAAAGG;步骤B)中,所述多克隆位点为EcoRI识别位点;所述pOCP载体的核苷酸序列为序列表中的序列5;步骤C)中,还包括如下步骤4)将所述酶切得到的酶切产物凝胶电泳分离,回收146nt的片段;5)将步骤4)得到的146nt的片段,进行反向层析,收集层析洗脱液,冻干,即为扣手探针。步骤B)中,所述凝胶电泳采用5%(质量百分含量)尿素变性聚丙烯酰***凝胶;步骤C)中,所述反向层析中采用如下溶液进行洗脱将30ml己***和70ml去离子水混合得到的溶液;所述反向层析中采用的层析柱为Sep_PakC18柱。上述的方法制备得到的扣手探针也是本发明保护的范围。上述的方法在合成5’端磷酸化的长寡聚核苷酸中的应用也是本发明保护的范围,所述长寡聚核苷酸为大于IOOnt的寡聚核苷酸。本发明的另ー个目的是提供一种扣手探针。本发明提供的探针,从5’至3’依次为与待测基因5’端互补的左侧寡核苷酸、探针主体片段和与待测基因3’端互补的右侧寡核苷酸;所述探针主体片段为序列表中序列I自5’末端的第24-125位寡核苷酸或序列表中序列2自5’末端的第24-125位寡核苷酸。所述与待测基因5’端互补的左侧寡核苷酸为序列表中序列I自5’末端的第1-23位寡核苷酸或序列2自5’末端的第1-23位寡核苷酸;所述与待测基因3’端互补的右侧寡核苷酸为序列表中序列I自5’末端的第126-146位寡核苷酸或序列表中序列2自5’末端的第126-146位寡核苷酸;所述扣手探针的5’末端磷酸化,具体为所述左侧寡核苷酸自5’末端起第一位核苷酸的第5位C上连接磷酸基团。含有所述扣手探针的试剂盒也是本发明保护的范围。含有所述扣手探针及其互补链的重组载体或重组菌也是本发明保护的范围,所述重组载体为将所述扣手探针及其互补链插入到pOCP的EcoRI酶切位点处得到的载体;所述质粒POCP的核苷酸序列为序列表中的序列5。所述扣手探针在生物SNP鉴定中的应用;或所述试剂盒在生物SNP鉴定中的应用;或所述重组载体或重组菌在生物SNP鉴定中的应用;以上应用均是本发明保护的范围。所述生物为植物,所述植物具体为拟南芥;所述拟南芥SNP为拟南芥第4号染色体的第1055234位核苷酸的多态性;所述拟南芥第4号染色体的第1055234位核苷酸的多态性具体为拟南芥第4号染色体的第1055234位核苷酸为A或G。本发明的实验证明,扣手探针的生物合成,首先通过PCR方法产生扣手探针前体,将扣手探针前体与载体pGEM-TEasyVector(Promega)连接得到重组载体,酶切后将带有扣手探针前体的片段与纯化扣手探针专用的载体POCP连接,经酶切后通过凝胶电泳分离扣手探针,凝胶分离的扣手探针溶液通过Sep-PakC18反相层析柱纯化,经冻干脱水后得到闻质量的扣手探针。图I为pGEM-7897A物理图谱图2为质粒pGEM-7897A与pGEM_7897G的酶切产物图3为pOCP的物理图谱图4为p0CP-7897A的物理图谱图5为质粒p0CP-7897A的酶切产物图6为合成的扣手探针BKN000007897A的鉴定图7为合成的扣手探针PR0BE_BKN000007897A与PR0BE_BKN000007897G的特异连接图8为滚环扩增(RCA)反应进行SNP鉴定具体实施例方式下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。实施例I、长链扣手探针BKN000007897A和BKN000007897G的获得I、扣手探针BKN000007897A和BKN000007897G的结构与设计BKN000007897为拟南芥(Arabidopsisthaliana)(essionnumberAF069298中第55730位核苷酸的多态性)的ー个SNP,位于第4号染色体的1055234_1055234bp,其中Columbia(Col)野生型的纯合子基因型为AA,Landsbergerecta(Ler)野生型的纯合子基因型为GG,其旁侧序列分别为左侧序列5’-AGAACGAGAAAGACT-3,右侧序列5,-G(A)GAGCGGAAAGCTGTGAAAGG-3’扣手探针BKN000007897A特异识别等位基因A,扣手探针BKN000007897G特异识别等位基因G,两条扣手探针的长度均为146nt,且5’末端磷酸化,,包括如下步骤A、在扣手探针主体片段两端分别添加与待测基因5’端互补的DN***段I和与待测基因3’端互补的DN***段2,得到探针前体;所述DN***段I的5'末端含有双链DNA限制性内切酶MlyI识别位点,所述DN***段2的3';所述扣手探针主体片段为如下I或II:I的核苷酸序列为序列表中序列I自5’末端第24-125位寡核苷酸;II的核苷酸序列为序列表中序列2自5’末端第24-125位寡核苷酸;B、将步骤A)得到的探针前体插入pOCP载体的多克隆位点间,得到重组载体;C、)得到的重组载体,即得到扣手探针。,其特征在于步骤A)中,所述在扣手探针主体片段两端分别添加与待测基因5’端互补的DN***段I和与待测基因3’端互补的DN***段2的方法包括如下步骤1)将探针主体片段拆分成如下24nt-52nt的小片段,AGTAGAGGTGGTCAGGCAATG;TTTGTAG;Tag_7897TGCGTCGGTAGAATGAGGTATTGTGGGTACTGGGTCTGAACTACAAAGGGAG;AGTAGAGGTGGTCAGGCAATG;TTTGTAG;2)、Link_Aspl、Tag_7897,得到探针主体片段I的互补片段;、Link_Asp2、Tag_7897,得到探针主体片段II的互补片段;3)以探针主体片段I的互补片段为模板,7897A_F1和7897A_R1为引物,进行PCR扩增,得到第一轮PCR产物,以第一轮PCR产物为模板,7897A_F2和7897A_R2为引物,进行PCR扩增,得到PCR产物1,即为探针前体I;或以探针主体片段II的互补片段为模板,7897A_F1和7897A_R1为引物,进行PCR扩增,得到第一轮PCR产物,以第一轮PCR产物为模板,7897A_F2和7897G_R2为引物,进行PCR扩增,得到PCR产物2,即为探针前体2;;所述7897A_R1的核苷酸序列如下所示GAAAGCTGTGAAAGGTGCGTCGGTAGAATG;TAGTCTTTCTCGTTCTGGCTTAG;所述7897A_R2的核苷酸序列如下所示GCAGTGAGAGCGGAAAGCTGTGAAAGG;所述7897G_R2的核苷酸序列如下所示GCAGTGGGAGCGGAAAGCTGTGAAAGG;步骤B)中,所述多克隆位点为EcoRI识别位点;所述pOCP载体的核苷酸序列为序列表中的序列5;步骤C)中,还包括如下步骤4)将所述酶切得到的酶切产物凝胶电泳分离,回收146nt的片段;5)将步骤4)得到的146nt的片段,进行反向层析,收集层析洗脱液,冻干脱水,即为扣手探针。,其特征在于步骤B)中,所述凝胶电泳采用5%(质量百分含量)尿素变性聚丙烯酰***凝胶;步骤C)中,所述反向层析中采用如下溶液进行洗脱将30ml己***和70ml去离子水混合得到的溶液;所述反向层析中采用的层析柱为Sep_PakC18柱。-3任一所述的方法制备得到的扣手探针。-3任一所述的方法在合成5’端磷酸化的长寡聚核苷酸中的应用,所述长寡聚核苷酸为大于IOOnt的寡聚核苷酸。,从5’至3’依次为与待测基因5’端互补的左侧寡核苷酸、探针主体片段和与待测基因3’端互补的右侧寡核苷酸;所述探针主体片段为序列表中序列I自5’末端的第24-125位寡核苷酸或序列表中序列2自5’末端的第24-125位寡核苷酸。,其特征在于所述与待测基因5’端互补的左侧寡核苷酸为序列表中序列I自5’末端的第1-23位寡核苷酸或序列2自5’末端的第1-23位寡核苷酸;所述与待测基因3’端互补的右侧寡核苷酸为序列表中序列I自5’末端的第126-146位寡核苷酸或序列表中序列2自5’末端的第126-146位寡核苷酸;所述扣手探针的5’末端磷酸化,具体为所述左侧寡核苷酸自5’末端起第一位核苷酸的第5位C上连接磷酸基团。;或含有权利要求4或6所述扣手探针及其互补链的重组载体或重组菌,所述重组载体为将所述扣手探针及其互补链插入到POCP的

长链扣手探针的生物合成方法 来自淘豆网www.taodocs.com转载请标明出处.

相关文档 更多>>
非法内容举报中心
文档信息
  • 页数11
  • 收藏数0 收藏
  • 顶次数0
  • 上传人开心果
  • 文件大小22 KB
  • 时间2024-04-13