甘蓝型油菜抗菌核病QTL定位的中期报告.docx

该【甘蓝型油菜抗菌核病QTL定位的中期报告 】是由【niuwk】上传分享，文档一共【2】页，该文档可以免费在线阅读，需要了解更多关于【甘蓝型油菜抗菌核病QTL定位的中期报告 】的内容，可以使用淘豆网的站内搜索功能，选择自己适合的文档，以下文字是截取该文章内的部分文字，如需要获得完整电子版，请下载此文档到您的设备，方便您编辑和打印。甘蓝型油菜抗菌核病QTL定位的中期报告本项研究旨在利用甘蓝型油菜(Brassicanapus)的遗传资源对其抗菌核病(Clubroot)的抗性进行研究,并通过QTL(QuantitativeTraitLoci)分析来确定相关的位点。本报告为中期报告,报告以下进展:。我们通过对不同品种的观察判断,选出了在田间繁荣生长的5个疫情重度区域的6个油菜品种,包括四个抗性品种和两个感性品种。品种间的扩散分析显示,疫情区域的油菜品种群体之间的遗传关系并不一致。这为后续的QTL分析提供了充足的基础数据。。对疫情区域的油菜进行采样,提取根部DNA,以PCR方法进行分析。PCR结果显示,疾病的病原体为病原性菌根结线虫(Plasmodiophorabrassicae),并且不同品种间鉴定的结果也是一致的。。我们将6个品种进行了全基因组的重测序,并获得50X的覆盖深度。(SingleNucleotidePolymorphism)变异的检测和筛选。我们使用GATK(GenomeAnalysisToolkit)进行SNP检测。首先,我们使用HaplotypeCaller程序进行SNP的检测,之后使用SelectVariants程序筛选出在不同品种间的共有SNP。最终我们获得约560,000个基因组SNP。。我们使用QTLCartographer软件对抗菌核病的相关性状进行连锁图定位。利用已有的SNP筛选结果,我们将560,000个SNP通过连锁分析得到了特异的QTL位置。我们完成了初步的QTL分析,并且已经识别出了与抗性相关的QTL。总之,我们已经在6个目标品种中鉴定出了病原体,并进行了甘蓝型油菜的全基因组重测序。通过SNP筛选和QTL分析,我们已经鉴定了抗菌核病的QTL位点,并且获得了初步的结果。这项研究为油菜育种提供了有力的参考依据。