09级复习课-练习题.doc

?是DNA、RNA还是蛋白质?由多少个碱基或氨基酸组成?分子是线形还是环状?GI号多少?
,以“resistant gene”为检索词,加引号和不加引号得到的结果是否相同?为什么?两种检索中,Pubmed数据库中满足条件的记录分别为多少条?
,是用核酸还是用蛋白质搜索核苷酸数据库?搜索时能不能用原始序列进行搜索?用基因Z83834进行Blastn搜索时,应选用哪个数据库,human G+T?nr/nt?还是EST?搜索结果显示有多少条同源序列?同源程度排第三的序列GI号是?
(BLAST 2 sequences)能充分发掘两条序列的同源区段,请以U72725为Query Sequence、U37133为Subject Sequence进行对位排列分析,找出同源区段,并绘图。
5. 结合生物信息学的知识,谈谈如何利用序列对位排列分析进行DNA序列延长(电子PCR)?
“XM_001918284”为关键词进行Entrez检索,结果显示该序列来自于什么物种?是DNA还是RNA?由多少碱基组成?分子是线形还是环状?编码区是?
,以“plant resistant gene”为检索词,加引号和不加引号得到的结果是否相同?为什么?两种检索中,Nucletide数据库中满足条件的记录分别为多少条?
,是用核酸还是用蛋白质搜索核苷酸数据库?搜索时能不能用原始序列进行搜索?用基因Z83834对应的蛋白质进行Blastp搜索时,应选用哪个数据库?搜索结果显示有多少条同源序列?同源程度排第三的序列来自什么物种?
4. PSI-BLAST在什么情况下使用能发挥其长处?为什么PSI-BLAST (Position Specific Iterated BLAST)在进行多次循环检索后会出现大量假阳性?
5. 结合生物信息学的方法,谈谈如何对一条新获得的序列进行定位?
1. 三大核苷酸数据库分别是?最常用的蛋白质数据库是由EBI (European Bioinformatics Institute)创建的哪个数据库?生物信息学的数据库是否包括文献数据库?NCBI的文献数据库是?(10分)
2. 想查找抗病基因相关的文献,以“resistant gene”为检索词,加引号和不加引号得到的结果是否相同?为什么?谈谈如何在Pubmed数据库中查找全文。
(10分)
3. 有同学想看看NCBI数据库中有没有序列长度为2011的蛋白质,他应该如何输入关键词呢?简略地谈谈你的搜索过程和结果。(10分)
4. 用Blastp程序进行序列对位排列分析时,是用核酸还是用蛋白质搜索核苷酸数据库?搜索时能不能用原始序列(FASTA format)