实用生物信息技术期中考试(二班A卷).doc

1 实用生物信息技术期中考试(二班 A 卷) 北京大学生命科学学院 200 8年4月 24日姓名_________________ 座位号 PKU08S2______________ 得分______________ 1. 写出实现以下操作的 Linux/EMBOSS 命令, 或说明以下 UNIX 命令的作用( 15分) 1) 在当前目录下创建子目录 hba ,并同时在该子目录下创建子目录 tree 2) 将当前目录下文件 h ta 移到 pku08s2 下的子目录 hba 中目录 tree 中 3) 统计当前目录下所有以“. fasta ”为文件名结尾的文件数 4) 提取玉米转录因子蛋白质序列文件 zmtf- 中所有注释行,并保存为 zmtf- 5) 显示当前目录下文件 hba .lis 中第 51-60 行内容 6) 在横线上填入相应的命令及参数, 使之运行后得到所示结果: ******@lys ~/tmp/ABC $ /home/chenx/tmp/ABC ******@lys ~/tmp/ABC $ ls -l total 8 -rw-r--r-- 1 chenx cbi 23 Apr 23 20:30 -rw-r--r-- 1 chenx cbi 39 Apr 23 20:30 ******@lys ~/tmp/ABC $ ******@lys ~/tmp/ABC $ ls -l total 8 -rw-r--r-- 1 chenx cbi 23 Apr 23 20:30 -r--r--r-- 1 chenx cbi 39 Apr 23 20:30 7) 比较当前目录下文件 seq 1和 seq2 的差异 2 8) 将当前目录下文件 按字母表顺序逐行排序并保存到 zmtf 2 .lis 中 9) 构建棉花 mRNA 序列( ghtf- ) BLAST 数据库, 以拟南芥转录因子 DNA 结合结构域 蛋白质序列搜索期望值 E< 的相似序列 10) 用 Phylip 程序包邻接法构建 20 个 SRAS 冠状病毒特征序列() 系统发育树 2. 说明以下 EMBOSS 命令用途: ( 10 分) 1) seqret 2) coderet 3) seealso dottup 4) plotorf 5) pepwheel – sbegin 678 – send 695 6) tmap 7) dotmatcher slit- slit- – windowsize 25 – threshold 253 8) freak – plot – send 1000 – wind 999 9) helixturnhelix 10) etandem – mi