NCBI在线Blast的图文说明.doc

NCBI 在线 Blast 的图文说明 Blast (Basic Local Alignment Search Tool )是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。 BLAST 程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。 BLAS T 结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast 中常用的程序介绍: 1、BLASTP 是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX 是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN 是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与 BLASTX 相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX 是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生 6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生 36种比对阵列。 NCBI 的在线 blast : 1、进入在线 blast 界面,可以选择 blast 特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择 blast 所有的核酸或蛋白序列。不同的 blast 程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 NCBI 在线 blast 页面 2、粘贴 fasta 格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看 NCBI 在线blast 数据库的简要说明。一般的话参数默认。 NCBI 在线 blast 页面 3、blast 参数的设置。注意显示的最大的结果数跟 E值, E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 blast 参数设置 4、注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。 NCBI 在线索 blast 结果 5、blast 结果的图形显示。没啥好说的。 blast 的图形显示 6、blast 结果的描述区域。注意分值与 E值。分值越大越靠前了, E值越小也是这样。 blast 结果的描述 7、blast 结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个 blast 结果的标准主要有三项, E值( Expect) ,一致性(Identities) ,缺失或插入( Gaps )。加上长度的话,就有四个标准了。如图中显示,比对到的序列长度为 1405 ,看 Identities 这一值,才匹配到 1344bp, 而输入的序列长度也是为 1344bp (看上面的图),就说明比对到的序列要长一点。由 Qurey (起始 1)和 Sbjct( 起始 35) 的起始位置可知, 5'端是是多了一段的。有时也要注意 3'端的。 blast 结果的详细区域 1 blast 结果的详细区域 2 附: E值( Expect) :表示随机匹配的可能性, E值越大,随机匹配的可能性也越大。 E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了。一致性(Identities) :或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。缺失或插入( Gaps ):插入或缺失。用“—”来表示。 NCBI 在线 blast 数据库的简要说明 Peptide Sequence Databases 蛋白序列的数据库◎nr All non-redundant GenBank CDS translations +RefSeqProteins +PDB +SwissProt + PIR +PRF 所有非冗余的的 GenBank CDS 区的翻译序列+参考序列的蛋白+PDB 数据库+SwissPro t 蛋白数据库+PRF 蛋白数据库◎refseq RefSeq protein sequences fromNCBI's Reference Sequence Project. 所有 NCBI 的参考序列◎swissprot Last major release ofthe SWISS-PROT protein sequence database (no updates). swissprot 的蛋白数据库◎pat Proteins from the Patent division ofGenPept. 专利的蛋白数据库◎pdb Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Pro