基因组学-总结.doc

.DNA 顺序复杂性: 不同顺序的 DNA 总长称为复杂性。复杂性代表了一个物种基因组的基本特征,可通过 DNA 复性动力学来表示。 . 基因的定义:不同的 DNA 片段共同组成一个完整的表达单位, 有一个特定的表达产物,可以是 RNA 分子,也可以是多肽分子 . 反义基因: 是指与细胞内 DNA 或 RNA 序列相互补形成杂交体而阻断或减弱其转录和翻译过程的 DNA 或 RNA 片段. 反义基因通常包括反义寡核苷酸(ASON) 、反义 RNA 及核酶 . 假基因: 与有功能的基因在核苷酸顺序的组成上非常相似,却不具正常功能的基因。假基因是相应的正常基因在染色体的不同位置上的复制品,由于突变积累的结果而丧失活性。假基因都是在真核生物的基因组中发现的,在原核生物中未见报道 .DNA 标记的类型:限制性片段长度多态性( RFLP ) ;简单序列长度多态性( SSLP ) (小卫星序列和微卫星序列); SNP. . RFLP ( 限制性片段长度多态性) 的特点: 限制酶识别的碱基具有位点专一性,用不同的限制酶处理同一样品时,可以产生与之对应的不同限制性片段,提供大量位点多态性信息。 . 部分连锁与遗传作图:交换是随机的,两个相近的基因发生交换的概率要比两个相远发生交换的概率要大,因此通过重组率的确定可以相对确定两个基因的位置。由此可以进行基因的遗传作图。 .分子信标的结构:环含识别序列,一般 15 --33 个核苷酸;茎在两末端各接上 5到 8 个核苷酸的互补序列,富含 GC; 荧光素及猝灭剂 .猝灭剂:荧光染料发射的光能,可被邻近的染料或非染料分子所吸收转成热能而不再发射荧光,也可以发射能量较低的荧光 . PRET( 激光共振能量转移): 受激发荧光素的能量转移到邻近的另一荧光素,并不发射荧光而使激发荧光素回复基态时的现象。 . 原位杂交:靶子为完整的染色体,由杂交信号提供作图信号, DNA 变性时不破坏染色体自然形态,原位杂交是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交,从而对特定核酸顺序进行精确定量定位的过程。原位杂交可以在细胞标本或组织标本上进行。 . 顺序标签位点或 STS ( sequence tagged site ) 为一段长度 100 - 500BP 的单一 DNA 顺序,易于分辨。寻找方法:表达序列标签( EST) ;SSLP ;随机基因组测序. 随机测序与序列组装随机测序也称”鸟枪法”.序列组装原理:直接从已测序的小片段中寻找彼此重叠的测序克隆,然后依次向两侧邻接的序列延伸. 优点:不需预先了解任何基因组的情况. 实例: 流感嗜血杆菌基因组的测序及顺序组装超声波打断纯化的基因组 DNA -- 琼脂糖电泳收集 ～ 的区段、纯化-- 构建到质粒载体中-- 随机挑选 19687 个克隆, 进行 28643 次测序,得到可读顺序为 11 631 485 bp --组装成 140 个覆盖全基因组范围的独立的顺序重叠群 限制测序:是指将一段染色体区段的 DNA 顺序进行组装. 两种策略的比较鸟枪法策略指导测序策略不需背景信息构建克隆群(遗传、物理图谱) 时间短需要几年的时间需要大型计算机得到的是草图(Draft)