蛋白质序列分析综述.ppt

第六讲第六讲蛋白质序列分析蛋白质序列分析蛋白质序列分析蛋白质序列分析上节课回顾系统发育树构建蛋白质序列分析蛋白质序列分析 DNA sequence Protein sequence Protein structure Protein function 蛋白质序列分析蛋白质序列分析蛋白质结构预测过程蛋白质结构预测过程 4 ORF 翻译实验数据蛋白质序列蛋白质序列蛋白质理化性质和一级结构数据库搜索结构域匹配已知结构的同源蛋白? 三维结构模型可用的折叠模型? 同源建模有二级结构预测无串线法有从头预测无蛋白质序列分析蛋白质序列分析蛋白质结构分析主要内容蛋白质结构分析主要内容蛋白质序列分析蛋白质序列分析理化性质: 分子量、等电点、氨基酸组成等结构分析: 一级结构、二级结构、三级结构功能预测: motif 、 domain 、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、蛋白质修饰等蛋白质序列分析蛋白质序列分析蛋白质数据库介绍蛋白质的结构主要分为四级, 一级结构、二级结构、三级结构以及四级结构。依据这种结构层次, 将蛋白质数据库分为: 1. 1. 蛋白质序列数据库: 蛋白质序列数据库: 如 PIR 、 SWISS-PROT 、 NCBI , 这些数据库的数据主要以蛋白质的序列为主, 并赋予相应的注释; 2. 2. 蛋白质模体及结构域数据库: 蛋白质模体及结构域数据库: 如 PROSITE 、 Pfam, 这些数据库主要收集了蛋白质的保守结构域和功能域的特征序列; 3. 3. 蛋白质结构数据库: 蛋白质结构数据库: 如 PDB 等, 这些数据库主要以蛋白质的结构测量数据为主; 4. 4. 蛋白质分类数据库: 蛋白质分类数据库: 如 SCOP 、 CATH 、 FSSP 等, 这其中有以序列比较为基础的序列分类数据库以及以结构比较为基础的结构分类数据库之分。蛋白质序列分析蛋白质序列分析 : ExPaSy , Expert Protein Analysis System / 瑞士生物信息学研究所 2. 生物序列分析中心: CBS , Center for Biological Sequence /services/ 丹麦技术大学蛋白质序列分析蛋白质序列分析 9 一、一、蛋白序列的获取––使用工具: 使用工具: ORFfinder ORFfinder 、、 blastx blastx 二二、、蛋白质理化性质蛋白质理化性质分析分析––使用工具: 使用工具: ProtParam ProtParam 三三、、跨膜区分析跨膜区分析––使用工具: 使用工具: TMpred TMpred 四、四、二级结构分析二级结构分析––使用工具: 使用工具: PredictProtein PredictProtein 五、五、结构域分析结构域分析––使用工具: 使用工具: InterProScan InterProScan 六、六、蛋白质三级结构分析蛋白质三级结构分析––使用工具: 使用工具: SWISS-MODEL/SWISS- SWISS-MODEL/SWISS- PdbViewer PdbViewer 课程安排课程安排蛋白质序列分析蛋白质序列分析一、蛋白序列的获得 1. 基因序列翻译推导得到 2. 氨基酸(多肽)测序得到 3. 双向电泳、质谱分析得到 4. 数据库得到