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miRBase-microRNA序列数据库
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microRNA简介
microRNA(miRNA)是一类长约22个核苷酸的非编码小RNA分子,最早在线虫中发现,并广泛存在于许多真核生物和细胞中,包括植物、动物、单细胞藻类、病毒等。miRNA主要通过与靶mRNA的结合,在转录后水平介导mRNA降解(多见于植物)或翻译抑制(多见于动物)来调控基因表达。研究表明miRNA在动植物生长发育、动物细胞凋亡、癌症发生以及植物应答胁迫等方面发挥重要作用。
microRNA的命名规则:
将物种缩写置于miRNA之前,成熟miRNA用miR表示,miRNA的基因或初级转录本中预测的茎环结构则用mir表示;
miRNA简写成miR,再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字,并且编号是连续的;
不同物种中同源的miRNA最好用同一个名字,同一物种中高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母;
由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同miRNA成熟序列而pre—miRNA序列不同的miRNA,则在后面加上阿拉伯数字以区分;
如果一个前体的2个臂分别加工产生miRNA,则根据克隆试验,看看哪个是主要的成熟产物,次要的在后面加“*”号。
miRBase
18226 hairpin precursor miRNAs
21643 mature miRNAs
168 species
miRBase
miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一;库中所有数据都可以从首页Download page或直接进入FTP站点下载。
miRBase主要由三部分组成:miRBase database、miRBase Registry和miRBase Targets database。
而miRBase Targets database则已经更名为microcosm,并托管于EBI。
miRNA注册
提交所用的格式为Fasta格式。最终,提交的序列将会加入到
miRBase Sequence Database中。
miRNA搜索
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