下载此文档

生物信息学考试总结复习.doc


文档分类:高等教育 | 页数:约9页 举报非法文档有奖
1/9
下载提示
  • 1.该资料是网友上传的,本站提供全文预览,预览什么样,下载就什么样。
  • 2.下载该文档所得收入归上传者、原创者。
  • 3.下载的文档,不会出现我们的网址水印。
1/9 下载此文档
文档列表 文档介绍
该【生物信息学考试总结复习 】是由【智慧书屋】上传分享,文档一共【9】页,该文档可以免费在线阅读,需要了解更多关于【生物信息学考试总结复习 】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****1/9生物信息学考试总结复****广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获得,加工,储蓄,分配,解析和讲解。狭义是指综合应用信息科学,数学理论,方法和技术,管理、解析和利用生物分子数据的科学。:将大量已知或未知序列的DN***段点在固相载体上,经过物理吸附达到固定化(cDNA芯片),也能够在固相表面直接化学合成,获得寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交,经过计算机扫描和数据办理,进行定性定量的解析。能够反响大量基因在不同样组织或同一组织不同样发育时期或不同样生理条件下的表达调控情况。:(NLM)的综合性数据库,供应生物信息学方面的研究和服务。:,是综合性数据库,供应生物信息学方面的研究和服务。简并引物:PCR引物的某一碱基地址有多种可能的多种引物的混杂体。序列比对:为确定两个或多个序列之间的相似性以致于同源性,而将它们依照必然的规律排列。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/:(alignment)在数据库中搜寻和盘问序列(query)相似度很高的序列的工具。ORF:,到停止密码子结束能够翻译成蛋白质的核酸序列,一个未知的基因,理论上拥有6个ORF。:是RNA聚合酶鉴别、结合并开始转录所必定的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成,核心启动子包括-35区(Sextamabox)TTGACA,-10区(PribnowBox)TATAAT,以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件组成,启动子基本元件包括启动子上游元件(GC岛,CAAT盒),核心启动子(TATABox,+1区帽子位点)组成。motif:模体,基序,是序列中局部的保守地域,也许是一组序列中共有的一小段序列模式。分子进化树:经过比较生物大分子序列的差其他数值重建的进化树。:序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比率。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****3/9生物信息学考试总结复****同源性:两个基因或蛋白质序列拥有共同祖先的结论。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/:是指没有编码蛋白质功能的所有RNA,它缺乏ORF,常有编码蛋白质的基因反义转录而来。miroRNA:是含有茎环结构的miRNA前体,经过Dicer加工此后的一类非编码的小RNA分子(21-23nt)。:是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-strandedRNA,dsRNA)引起的、同源mRNA高效特异性降解的现象。是一种转录后水平的基因默然(PTGS)。答:(1)生物信息的收集、储藏、管理和供应。(2)基因组序列信息的提取和解析。(3)功能基因组解析。(4)生物分子设计。(5)药物设计。(6)生物信息解析的技术与方法研究。(7)应用与发展研究。(8)系统生物学研究。。答:(1)人类基因组计划。(2)人类蛋白质组计划。(3)新药开发中的应用。(4)基因芯片。(5)医学应用。,属名加种名。答:(1)Solanumtuberosum马铃薯(2)Musaacuminatabanana香蕉(3)Solanum生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****5/9生物信息学考试总结复****lycopersicum番茄(4)Zeamays玉米(5)Oryzasativa水稻(6)Arabidopsisthaliana生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****拟南芥(7)Vitisvinifera葡萄(8),属名加种名。答:(1)Homosapiens人(2)Daniorerio斑马鱼(3)Musmusculus小鼠(4)Drosophilamelanogaster黑腹果蝇(5)Caenorhabditiselegans明丽隐杆线虫(6)Feliscatus猫(7)Gallusgallus鸡(8)。。。答:(1)老例解析:(2)比对解析:(3)基因结构的识别::。(BLAST)?答:(1)进入NCBI主页,点击BLAST进入BLAST主页。(2)选择需要比对的种类BLASTNBLASTPBLASTXtBLASTNtBLASTX(3)在序列框中输入需要比对的序列。(4)选择数据库。(5)开始比对。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****7/?生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****答:(1)ORF鉴别及其可靠性考据(2)非编码区及启动子区解析(3)基因组重复序列分析(4)其他调控位点解析:。蛋白质序列的基本性质解析包括哪些内容?答:(1)理化性质解析(2)亲水性/疏水性解析(3)跨膜区解析(4)信号肽展望(5)Coil区解析(6)亚细胞定位(7)结构功能域解析蛋白质空间结构怎么展望,二级/三级。答:(1)二级结构展望:。(2)三级结构展望:主要方法有同源模建、折叠鉴别和从头展望。目前主要使用同源模建的方法来展望蛋白质三级结构,但是需要二个蛋白质序列同源性高于35%,低于30%结构不理想。详尽步骤为,-?答:(1)从一个新蛋白质序列开始,经过tBLASTn搜寻核酸数据库,找到相应的般配,如果是和DNA编码的已知蛋白质般配,则可能不是新的基因;但是若是找到与DNA编码的生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****相关蛋白质的般配,则有可能是新的基因。(2)尔后进一步经过BLASTx或BLASTp来进一步确定新的基因。在核酸,蛋白数据库中搜寻DNA或蛋白质序列生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****进化树成立过程,方法。答:(1)进行多序列比对,确定序列之间的相似性。(2)选择合适的建树方法。,选择最大简短法(MP)。,选择距离法,包括毗邻法(NJ)。,选择最大似然法(ML)。(3)使用软件建树。,使用PAUP、MEGA、或PHYLIP。,使用PHYLIP、MEGA、或ClustalX。,使用PHYML或BioEdit。(4)用软件评估进化树。。答:(1)外源进入生物体的双链RNA(dsRNA)被一种核糖核酸酶Dicer所鉴别并将其切割成21~23nt的小搅乱RNA(siRNA)。(2)这种siRNA能够被RISC(RNA引诱的默然复合物)所鉴别并结合,进而使siRNA发生解旋和解链。(3)尔后再siRNA反义链的引导下,搜寻与siRNA拥有同源序列的内源靶mRNA。(4)RISC与内源靶mRNA同源区进行特异性结合,并切割靶mRNA,以致转录后基因默然。(5)siRNA不但能引导RISC切割靶mRNA,而且可作为引物与靶mRNA结合并以mRNA为模板,在RdRP(RNA依赖的RNA聚合酶)作用下合成更多新的dsRNA,新合成的dsRNA再由Dicer切割产生大量次级siRNA,进而使RNAi的作用放大,最后将所有靶mRNA降解,以致基因的完好默然。。高效siRNA设计步骤。答:(1)靶基因判断(2)成立解析(3)序列过滤(4)序列翻译解析(5)获得序列(6)序列比对(7)采用序列(8)合成siRNA。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****12/,怎么研究其功能?生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****答:(1)上调miRNA在细胞中的含量而获得gain-of-function模型,详尽能够将miRNA的前体序列或成熟序列克隆到特地表达短片段RNA的特别载体中。(2)下调miRNA在细胞中的含量或直接控制该miRNA的功能获得loss-of-function模型。结合上调解下调结果能够确定基因的表达可否碰到特定miRNA的调控。:①交融表达载体GUSGFP,并说明用途。答:-葡萄糖酸酶,能够催化底物产生荧光物质也许蓝色产物。能够利用GUS基因与目的基因交融表达来精选转变子,也可用于外源基因表达产物在转变生物体中的定位解析。,在紫外光照射下发出荧光。能够利用GFP基因和目的基因交融表达在荧光显微镜下观察目的基因编码蛋白的动向变化,精选转变子,也可用于外源基因表达产物的定位解析。:(1)对目的基因cDNA和GUS,GFP进行限制性酶切解析,找出目的基因编码区,GUS基因编码区,GFP编码区中的酶切位点,消除这些酶切位点。(2)选择合适的载体,如pET系列(原核)也许pCAMBIA系列(植物)等,并找出被消除以外的酶切位点,选择3个酶切位点。3)设计引物扩增目的基因,GUS基因,GFP基因,若是没有选择的酶切位点,则在引物中引入酶切位点。交融表达在前的基因停止密码子在设计引物时去掉,二个基因连接区要保证引物扩增的产物不会破坏ORF框架即初步密码子前扩增区段要保证为3联体密码。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****14/9生物信息学考试总结复****4)先连接目的基因与GFP也许GUS,再将交融基因与载体连接。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/,高升基因的表达。答::设计siRNA干涉该基因的表达。步骤:(1)选择欲干涉的靶基因的片段地址,并列出候选siRNA序列。(2)评估候选siRNA序列,如SNP,形式功能,高级结构等。(3)进行BLAST比对,消除与非靶基因互补的候选siRNA序列。4)从功能特异性角度出发,选择最后siRNA序列。5)合成siRNA,包括化学合成,体外转录,成立表达载体等。6)转入生物体内。7)检测干涉情况。:将该基因转入含有病毒强启动子的载体中使基因超表达。(以植物为例)步骤:(1)选择超表达载体,即含有病毒强启动子的表达载体。2)对目的基因进行限制性酶切解析,消除目的基因编码区拥有的酶切位点,选择合适载体拥有的酶切位点。3)设计引物扩增目的基因,引入酶切位点。4)将目的基因连接到超表达载体上。5)转变,农杆菌转染(植物)。6)检测表达情况。?答:(1)引物长度。15~30bp。(2)引物的特异性。引物应在核酸序列保守区内设计。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****16/9生物信息学考试总结复****3)引物的碱基分布。引物4种碱基分布随机,3‘端防备出现3个以上连续的G或C。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****4)引物的互补情况。防备引物二聚体和发夹结构的产生。5)引物的修饰情况。引物5’端加修饰,3‘端不能够修饰。6)产物的二级结构。引物设计避开DNA单链二级结构。7)引物的GC含量。GC含量40%~60%。8)引物Tm值。Tm值72℃左右。(9)引物G值。引物3’端G值较低,5‘、中间G值较高。(10)密码子的简并。3‘端不要停止在密码子的第三位。,设计解析这个序列的流程,以及方法,判断其功能,翻译出的氨基酸序列,判断出属于哪个家族。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****18/9生物信息学考试总结复****答:(1)使用DNAMAN,BioEdit统计基本指标。(2)使用Transeq,TranslateTool,生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****ORFFinder对该序列进行6个框架的翻译。(3)对6个ORF翻译序列也许核苷酸序列在生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****数据库中进行序列比对(BLAST)(4)经过多序列比对查找基因家族生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/,设计解析步骤,判断属于哪个家族。‘-UTR,3‘-UTR,EXON,INTRON的序列,手动设计引物,写出PCR系统,算出退火温度。生物信息学考试总结复****生物信息学考试总结复****9/9生物信息学考试总结复****

生物信息学考试总结复习 来自淘豆网www.taodocs.com转载请标明出处.

相关文档 更多>>
非法内容举报中心
文档信息
  • 页数9
  • 收藏数0 收藏
  • 顶次数0
  • 上传人智慧书屋
  • 文件大小63 KB
  • 时间2024-04-14