植物天然反义转录数据库的构建与分析的中期报告.docx

该【植物天然反义转录数据库的构建与分析的中期报告 】是由【niuwk】上传分享，文档一共【2】页，该文档可以免费在线阅读，需要了解更多关于【植物天然反义转录数据库的构建与分析的中期报告 】的内容，可以使用淘豆网的站内搜索功能，选择自己适合的文档，以下文字是截取该文章内的部分文字，如需要获得完整电子版，请下载此文档到您的设备，方便您编辑和打印。植物天然反义转录数据库的构建与分析的中期报告本篇中期报告将对植物天然反义转录数据库的构建与分析的进展情况进行介绍。一、研究背景和意义反义转录是指基因序列中与某个基因顺向编码的RNA序列完全互补的反向编码的RNA序列,也称为内源反向转录或天然反义转录。反义转录现象在真核生物中广泛存在,这些RNA分子有多种可能的生物学功能,如基因调控、RNA修饰、蛋白翻译抑制等。近年来的研究表明,植物颇具反义转录现象,其中小RNA,mRNA,长非编码RNA和mirRNA也可能是反义转录产物之一,可能在植物生长和发育中发挥多种作用。植物反义转录对整合基因组学和转录组学研究提供了一个新的视角。然而,目前基于植物反义转录的研究较少。因此,构建植物天然反义转录数据库并进行分析,可以为进一步研究植物反义转录提供有力的数据支撑和科学指导。二、(拟南芥、水稻、玉米、番茄和大豆)的基因组及转录组数据,包括基因序列数据(FASTA格式)、注释信息(GTF格式)、转录组数据(FASTQ格式)和已知miRNA序列数据(miRBase数据库)。对于基因组序列和注释信息,我们采用软件包Gffread进行转录本提取和剪接合并,去除冗余信息,生成用于筛选反义转录的非重复转录本集合。对于转录组数据,我们采用Trimmomatic软件进行质控过滤和修剪,之后采用Hisat2软件和Bowtie2软件对每个物种的转录本集合进行映射。快速序列比对软件STAR进行相对表达分析。同时,利用脚本筛选和标记所有反义转录事件,并对经筛选后反义转录事件进行相关标准性评估。,我们的研究可比较所有反义转录基因组和转录组DNA转录本序列,可发现转录本间的反义转录事件或反向融合事件,通过这种集成方法,我们识别出了包括小RNA、mRNA和lncRNA在内的多种类型的反义转录事件,并对这些反义转录事件进行了详细注释。。我们建立了一套包括blast、search、filter和analysis等多种工具进行功能注释、拓扑结构、基因本体、通路、编码DNA、调控元素等多种方面的分析。三、目前进展和后续计划通过上述工作,我们已经初步构建了植物天然反义转录数据库和分析平台,对数据库所收录反义转录事件进行了初步分析。接下来,我们将开展以下研究:,并对这些事件类型进行详细分类和注释。。,例如特异性转录因子的关系挖掘,基因网络分析和可视化等应用。本研究将为近年来的植物反义转录研究提供全面的、可靠的数据支持,将有助于揭示植物多种生物学过程中反义转录事件的优势作用模式,为植物生物技术的研究和应用提供新的思路和理论基础。