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网络生物医学资源概论
生物分子数据库
基因组数据库
蛋白质序列、生物大分子结构数据库
蛋白质二级结构、互作数据库
基因产物注释数据库
网络生物医学资源概论
网络生物医学资源所包含的主要内容
网上生物医学文献数据库
网上生物医学数据库(分子生物学数据库)
网上生物医学文献类型
1文摘型数据库
2全文型数据库
3事实型数据库
4生物医学专业网站
5生物医学整合知识平台
文摘型生物医学数据库



生物分子数据库
生物分子数据库应满足5个方面的主要需求
(1)时间性
(2)注释
(3)支撑数据
(4)数据质量
(5)集成性
生物分子数据库
一级数据库
数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释
二级数据库
对原始生物分子数据进行整理、分类的结果,是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
国际上权威的核酸序列数据库
(1)欧洲分子生物学实验室的EMBL

(2)美国生物技术信息中心的GenBank .gov/Web/Genbank/
(3)日本遗传研究所的DDBJ
.jp/
“ID”为序列的标识符行,包括登录号、类型,分子的长度
“AC”为登录号行;
“XX”为分隔符号行; “DT”为创建和更新日期行
“DE”为序列描述行;
“KW”为关键字行;
“OG”行描述细胞组织;
“OS”行描述生物体种属;
“OC”行描述生物体分类信息;
“RN”描述参考文献的编号;
“RP”描述参考文献的页码;
“RA”描述参考文献的作者;
“RT”描述参考文献的题目;
“RL”描述参考文献的出处;
“RC”描述参考文献的注解;
“RX”、“DR”行描述交叉引用信息;
“FH”为特征开始符号;
“FT”为特征表行
(1)Feature Key,它是描述域生物功能的关键字;
(2)Location,指明特征在序列中的特定位置;
(3)Qualifiers,描述关于一个特征的辅助信息;
文件体由序列本身所组成,由“SQ”标志的行开始。
序列结束的标记是“//”。
EMBL核酸数据库中的每一个序列数据被赋予一个登录号,它是一个永久性的唯一标识
EMBL的序列数据用外在的ASCII文本文件来表示,
而每一个文件分为文件头和文件体两大部分
文件头由一系列的信息描述行所组成,
文件头实际上对应于一个序列的注释(annotation)