详细的perl for bioinformatics学习.pptx

Perl学****尽量适应DNA/RNA/proein case来分析
contents
自然语言 PK 计算机语言.
#!/usr/bin/perl是什么意思?调用解释器.
Perl语句/句子大全. 句子全以;结束
有了前面对perl语言的大概了解,然后详细学****细节detail.
Perl的精髓是模式匹配…一旦匹配到了一个字符串,就可以从大量的文本中将其抽取出来,或者利用另一个字符串来替代()这个字符串。
Perl多线程的概念.
Perl些程序的第一个问题.【编译原理:解释器是如何做出来的, 语言等价转换】
为什么编程序用下面一些奇怪的开头:
#!/usr/bin/perl
#!/usr/bin/perl –w
#!/usr/bin/perl
use warnings;
#!/usr/bin/perl
use diagnostics;
详细解答问题1
为什么shell脚本第一行要#!/bin/sh?这个是什么意思呢?
告诉操作系统, 此脚本的解释器为/bin/sh 这个可执行文件类似地, 如果你的脚本语言用 bash, ksh, perl解释, 第一行就应该是
#!/bin/bash
#!/bin/ksh
#!/usr/bin/perl
之类的或者, 你自己定义一种脚本语言, 再自己写个解释器去执行它, 比如说叫 xshell, 放在/usr/local/bin 目录下, 你的脚本第一行就应该是
#!/usr/local/bin/xshell
如果没有这样定义的第一行, 不同 unix 类操作系统会用默认 shell 来解释脚本, 如 unix 往往是 sh, linux 往往是用 bash, ....

-w是个什么玩意?
-w是warnings的简称,和use warnings是等意的.
Use warnings; 正确的用法.【一个编译命令】
相似的用法是use diagnostics; 相比-w表现出的是,输出详细的问题描述.
# Exit; 一句话结束只有一种表示方法,就是分号;
#!/usr/bin/perl -w
$DNA=‘AGACTGA’;
Print $DNA;
Exit;
或者也是可以写成.
#!/usr/bin/perl
Use warnings;
$DNA=AGACTGA’;
Print $DNA;
Exit;
Perl语句/句子大全. 句子全以;结束
赋值语句. $x1=3;
复合赋值语言. $x1=3*4-2**2; $_=“this is”.”sue is”+3X4 后面的返回值this issue is 3333.
字符串绑定语句. Substr(“hello, world!”, 0, 5)=~”goodbye”#返回值 goodbye, world!
匹配语句m//. $string=“deagabcact”; If (/abc/) {print “match”;} #返回值 match.
替换语句s///. $DNA=‘ATTTACATG’; $RNA =“ATTTACATG”不对么??正确的是$RNA=$DNA; $RNA=~s/T/U/g; print “$RNA\n”或者print ”transcribe the DNA into RNA is :\n\n”; print “$RNA\n”; exit; 【函数join. 函数split】
条件语句. If () {}…… if (){} else {}…… if (){} elseif() {} else {}……反义句子unless () {}.
循环语句. For(初始,条件,约束条件) {};;;;;; while() {};;;;;; while的反义是until.
自动增减语句. my $m=5; my $n=++$sm;
读取文件数据语句;;; 文件句柄;;;
Perl中常用函数
变量定义$.
字符串操作的函数;;; index($big,$small); substr(“ATGCGTA”,0,4); 返回值ATGC. Substr(“ATGCG”,1,3)返回值是TGC;
***@array数组操作的函数;;; ***@array=qw/aa ac dee bc/; $_1=******@array; $_2=******@array; $beauty=******@array; 返回值aa ac dee; $_3=push ***@array,47; 返回值是aa ac dee bc 47; $_4=shift ***@array;返回值ac dee bc; $_5=unshift ***@array, aa; 数组的赋值qw<abcd>;qw/abcd/;qw#abcd#等等表示