如何进行序列的分析和向数据库提交序列.ppt

第六章如何进行序列的分析和向数据库提交序列?
序列处理
比对分析
基因结构预测分析
蛋白质预测分析
基本性质,功能位点结构域,二级结构…
基本性质,ORF,CDS,Exon,TATA,tRNA,终止子,启动子,重复序列等…
Sequence Alert
基因名称
格式处理和载体识别与去除
测序序列
相似性和同源性分析
确定具有生物学意义
比对分析(功能预测)
相似基因,相似蛋白基因家族,蛋白质家族
一、核酸序列生物信息分析的一般程序
>c3
1 gacatactct actactacta gccagtaagc tagctaacta actacgtggc
61 tcctcggc gtg aagggctcaa
121 g g aac tcgggcttcg gcaacgtcag caatggcgga
181 aggatcaagt gcatgcaggt aatt gagggcatca agaagttcga tatcg
241 ac gt ggaggatctt ttgaagcaga t
301 aagtgggtgc tcga gttcagcaag gttggattcg gtga acagg
361 gggt actacgatgg caggtattgg accatgtgga at gttcggctgc
421 caggtgct caaggagctc a
481 gta tcatcggctt cgacaacgtc aggcaggtgc agttgattag
541 caggttgcga ggagtctggt ggcaactaag ctaagatcaa gcatcgcgct
601 ggtggattgc tataat aatagtatgc agctttgttt tgggctatgt tgatgatata
661 tcaatatata atatgctata tatttttatt ttacagtttg atctcaatgg
tctgctct taacacatat gtaataatct g gttttattgt
781 aagagtacta caattatcgt tgggtgagga tatgtgaaaa g gctatataca
841 cacaaaaaaa aaaaaaaaaa
举例说明如何进行DNA的功能分析
BLAST
.gov/blast
ORF Finder
.gov/gorf
ClustalW
/clustalw
>c3
GGCTATATACACACAAAAAAAAAAA
AAAAAA
>c3
1
M A P
61
T V M A S S A T S V A P F Q G L K S T A
121 aactcgggcttcggcaacgtcagcaatggcgga
G L P V S R R S T N S G F G N V S N G G
181 tatcg
R I K C M Q V W P I E G I K K F E T L S
241
Y L P P L T V E D L L K Q I E Y L L R S
301 acagg
K W V P C L E F S K V G F V Y R E N H R
361 atgttcggctgc
S P G Y Y D G R Y W T M W K L P M F G C
421
T D A T Q V L K E L E E A K K A Y P D A
481
F V R I I G F D N V R Q V Q L I S F I A
541 aggttgcgaggagtctggtggcaactaagctaagatcaagcatcgcgct
Y K P P G C E E S G G N *
601 tataataatagtatgcagctttgttttgggctatgttgatgatata
661 atctcaatgg
ggttttattgt
781 ggctatataca
841 cacaaaaaaaaaaaaaaaaa