复习2-2015-5.26...pptx

生物信息数据库
一、引言
生物分子数据
高速增长
分子生物学
及相关领域研究人员
迅速获得最新实验数据
建立生物分子数据库
生物信息数据库几个明显的特征:
(1)数据库的更新速度不断加快
数据量呈指数增长趋势
(2)数据库使用频率增长更快
(3)数据库的复杂程度不断增加
(4)数据库网络化
(5)面向应用
(6)先进的软硬件配置
一个数据库记录(entry)一般由两部分组成:
1. 原始序列数据(sequence data)
2. 描述这些数据生物学信息的注释(annotation)
注释中包含的信息与相应的序列数据同样重要和有应用
价值。
数据的完整性和注释工作量:
1. 序列数据广,序列注释不够完整 
2. 库数据面窄,序列注释全面
数据库的动态更新:
1. 不断增加 
2. 不断修正
分子生物信息数据库种类繁多。归纳起来,大体
可以分为4个大类,即
基因组数据库、核酸和蛋白
质一级结构数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三
维空间结构数据库、以及由上述3类数据库和文献
资料为基础构建的二次数据库。
基因组数据库来自基因组作图,序列数据库来自
序列测定,结构数据库来自X射线衍射和核磁共振
等结构测定。这些数据库是分子生物学的基本数据
资源,通常称为基本数据库、初始数据库,也称一
次数据库。
v生物信息数据库
一级数据库
v数据库中的数据直接来源于实验获得的原始
数据,只经过简单的归类整理和注释
二级数据库
v对原始生物分子数据进行整理、分类的结
果,是在一级数据库、实验数据和理论分析
的基础上针对特定的应用目标而建立的。
生物信息数据库
染色体
核酸
蛋白质
基因组作图
序列测定
结构测定
基因组图谱 
DNA序列
蛋白质序列
蛋白质结构
基因组
数据库
核酸序列
数据库
蛋白质序列
数据库
蛋白质结构
数据库
NCBI  National Center for Biotechnology Information (US) 
EBI  European Bioinformatics Institute (EU) 
HGMP  Human Genome Mapping Project Resource Centre  (UK)
ExPASy  Expert of Protein Analysis System (Switzerland ) 
CMBI  Centre of Molecular and Biomolecule (herlands) 
ANGIS  National Genome Information Service (Australia) 
NIG  National Institute of ics (Japan) 
BIC   National Bioinformatics Centre (Singapore)
国际著名的生物信息中心
一级数据库简介
1、核酸序列数据库