NCBI使用方法详解.pdf

一步一步教你使用 NCBI
查找 DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等



















作者:urbest

2007-8-1

苏州大学生命科学学院
一步一步教你使用 NCBI 苏州大学生命科学学院医学遗传 

最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用
BLAST 进行序列比对……,这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自
己使用 NCBI 的一些经历(经验)跟大家交流一下 BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使
用心得,让我们共同进步!
我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用:
Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter
Part two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列
Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列
Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性

特别感谢本版版主,将这个帖子置顶!
从发帖到现在,很多战友对该帖给与了积极的关注,在此向给我投票的(以及想给我
投票却暂时不能投票的)各位战友表示真诚的感谢,谢谢各位战友!
请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于 NCBI 其他方面的使用也请水平较高
的战友给予补充

First of all,还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用 Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、
启动子(Promoter)

下面以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤

Map viewer 页面,网址为:.gov/mapview/
在 search 的下拉菜单里选择物种,for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示:





“GO”出现如下页面:





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Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框,在 Gene
前面的小方框里打勾,然后点击 Filter. 出现下图:

说明一下:1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了
三个,是不同的部门做出来的,经我验证,序列有微小的差异,但总体来说基本相同。尽管
你分别点击后,序列代码、序列代码等有所差异,但碱基基本一致,不影响大家研究分析序
列。现在普遍采用的是最上面的那个序列,这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的
一个序列。我也推荐大家使用这个序列。



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(即 reference)对应的"Genes seq",出现新的页面,
页面下方为:



“Download/View Sequence/Evidence ”,即下载查看序列等功能,
结果如图所示:


先对上面这张图做点简要的说明,在 Sequence Format(序列输出格式)后面是一个下
拉式选择菜单,默认的为 FASTA 格式,还有一个是 GenBank 格式。我推荐大家选择 GenBnak
格式,因为这个格式提供了很多该基因的信息,而 FASTA 格式只有基因序列。

Sequence Format 后选择 GenBank,然后点击下面的 Display,目的基因的相关
信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示(网页较大,只抓取一小部分以作示范):

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在上述打开的网页中,你可以看到基因长度,基因序列,以及这个基因是如何被报道出
来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394)
这代表了从基因的 3598 位开始就是转录区了,即我们常说的 mRNA 片断,由于内含子的存在,
所以 mRNA 在 DNA 序列上分成了几段。
CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 78