气体在聚合体中扩散的测量.pptx

。从菜单栏中选择Build/BuildPolymers/Homopolymer来显示Homopolymer对话框。把库Library改成硅氧烷siloxanes,把重复单元Repeatunit改成二***硅化物dimeth_siloxane。在Homopolymer对话框中选取Advanced。选上Random,点击Build。关闭Homopolymer对话框。。在ProjectExplorer中,右键点击projectroot并选择新的3DAtomisticDocument。。把名字改成Oxygen并点击回车。现在可以勾画出氧分子。。点击SketchAtom按钮,从下拉菜单中选择oxygen。在3DViewer上左键单击,然后松开左键,移动鼠标以形成一根键。鼠标移到一定距离,键不能再伸长。双击左键,完成构建。把鼠标移到键上面,它会变成浅蓝色,这时左键点击一下变为双键,O2分子完成构建。注意,在这些操作中,鼠标状态为。不能点。完成O2分子的构建后,点,避免产生新的原子。你需要对氧分子命名一下,不然,MSModeling就会用默认的名字。在PropertiesExplorer中,把Filter改成Molecule。双击Name,输入oxygen,点击OK。注意核对ChemicalFormula中是否显示O2。一个经验力场计算(能量最小化或分子动力学)中花费最大的部分是非键参数的确定(库仑相互作用和范德华力)。涉及力场的计算会用各种方法来计算非键参数,随所研究系统的尺度和类型而变化。不过对范德华力默认的方法是原子级模拟,对库仑相互作用则是Ewald加和模拟。对某些聚合物,可以用一组原子而不是单个原子来逼近非键参数。这种方法叫作chargegroups。本教程中你会从头到尾用到这个方法。这种方法可以在不损害精度的情况下加速计算。现在聚合体将自动用chargegroups来计算,如果要显示的话,点击DisplayStyle对话框。。右键点击3D原子文档,选取DisplayStyle。在DisplayStyle对话框中,把Colorby选项改成ChargeGroup。在Charges对话框中指明氧分子是用chargegroup的。。从菜单栏中选取Modify/Charges来显示Charges对话框,选择ChargeGroups条目,点击Calculate。在优化两个分子的几何结构之前,必须要让Discover知道用chargegoups来进行非键计算,而不是用默认选项。puter。现在可以开始优化两个几何结构了。点击工具条上的Discover按钮,然后从下拉列表中选择Minimizer。。点击DiscoverMinimization对话框中的Minimize按钮。现在任务浏览器显示出来了,in。当计算完成时,最小化的结构会被存放到这个新目录下。,点击Minimize按钮。in/。关闭DiscoverMinimization对话框。现在有了两个优化的几何结构。在File中点击SaveProject。从菜单栏中选择Windows|CloseAll。in/in/。