2.4-Charmm标准安装文档.doc

曙光,解决方案部,(ChemistryatHARvardMacromolecularMechanics)是一种常用的分子立场,CHARMm是相应的分子动力学软件。CHARMm常用于生物大分子的模拟,包括能量最小化,分子动力学和蒙特卡罗模拟等。官方网站:本我们使用的版本为charmm_c35a1安装前要求需要C/Fortran编译器我们推荐使用IntelC/《曙光HPC调试手册》需要安装标准MPI我们推荐使用Intel编译器版openmpi来编译运行软件安装Intel编译器版OpenMPI参见《曙光HPC调试手册》。.4-,prefx改为`dirname$0`/prefx修改Makefile模版,vimbuild/UNX/Makefile_em64t第26~=icc-Dnographics–DgnuFC=$(FCOMPILER)-132-w95-cm-alignall-integer-size64LD=mpif90MSGLIB=第34~35行改为:FC2=$(FC)-c-O2-mp1-xHostFC3=$(FC)-c-O3-mp1-xHost编译./em64tlargeMkeepfkeepo其中,em64t对应build/UNX/Makefile_em64t模板large为charmm-size,即模拟体系的大小,可选项:huge,xxlarge,xlarge,large,medium,small,xsmall,reduceM代表用MPI并行keepfkeepo表示在build/em64t/,便于检查编译过程中的错误根据提示输入mpi的include和lib目录,如下Entertheabsolutepathtothempiincludefiles(,etc.)>>/public/software/mpi/-intel/includeEntertheabsolutepathtothempilibfiles(.,(so))>>/public/software/mpi/-intel/lib输入mpi路径后,开始编译过程,编译完成后,生成可执行文件exec/em64t/-c35a1cpexec/em64t/-c35a1/手动运行Charmm准备算例,使用普通用户test运行算例su-testmkdircharmm_testcdcharmm_testcp/public/sourcecode/c35a1/test/c35test/