梅里埃质谱建库规则讲义.ppt

梅里埃VitekMS数据库构建的独特概念基于种群基于菌株以种群代表的种属可发现种属特异性的特点需要许多参考菌株以个别菌株代表的种属快速构建数据库不需代表典型菌株VITEKMS(IVD)SARAMIS(RUO)市售它牌质谱质数据库构建思路选择菌株(每个种属〉10株)不同培养基培养,Vitek/APISequencing采集谱图质控明显,稳定数据库21046菌种13,790以上分离株(数据库里的菌株)29,873以上图谱平均每个菌种有18菌株平均每个菌种有40个图谱1,500菌种9,620分离株(数据库里的菌株)18,808图谱平均每个菌种有8菌株平均每个菌种有16个图谱VITEKMSIVD56菌种>25菌株25菌种>100菌株金黄色酿脓葡萄球菌(Saureus):328株大肠埃希氏菌(Ecoli):475株白念珠菌(Calbicans):133株肺炎链球菌(Spneumoniae):306株VITEK®MSIVD临床数据库与算法AdvancedSpectraClassifier4专家图谱鉴别器(ASC)分析原理权重矩阵分析ASC的使用:建立数据库鉴定样本的图谱特点:没有图谱比较软件里没有内建图谱,只有分析蛋白矩阵&重量计算时间更快14VITEKMS(IVD):计算分析样本与权重矩阵的相似百分比专家图谱鉴别器(ASC)6菌株库建立原理质量区间分布顶峰**********…………………………...….129812991300区间**********………………S1S2S3S1S2S3**********………………+++++++++++++显示/未显示7菌株库权重矩阵发展**********……1300Spneumoniae(306isolates)++++++++++++++----------**********……1300Ecoli(475isolates)+++++++++---------------+1234…………3061234………..Bin13000+200+4-15-3Spneumoniae权重矩阵发展=>加权每个区间分析: ++:高度种属特异性(+15,20..) +:中度种属特异性(+3,+4….) -:缺乏顶峰(-3,-4….) --:缺乏顶峰且出现其他种属重要识别顶峰(-15)肺炎链球菌金黄色葡萄球菌弗劳地枸橼酸盐杆菌肺炎链球菌9Bin1Bin2Bin3Bin4Bin5Bin1300Abiotrophiadefectiva00+4+150+obacterhaemolyticus0-3+40+obacterjohnsonii0-3000+obacterjunii00+40-+15-8++200-15+4-3Salmonellagroup+13-11+40-20………………区间矩阵发展………VITEKMS系统的权重矩阵合适于更新每一种属的更新专利设计:(Normalization),(Binning)10