Gromacs初学者写给初学者的心得.doc.doc

,这段时间,先学****了Linux系统,主要学****了GROMACS的简单操作。在这个过程中,分子模拟论坛帮我解决了很多很实际的难题,并且很感谢咱的SENBO哥哥(那个老是叫我小朋友的家伙)耐心和启发性的指导。现在对GROMACS有点初浅的认识,写在论坛上,大家交流。提前申明,本文只适合GROMACS初学者参考,因为我也是初学(前面不写了吗,才三天~~),初学对初学,我想会有一些很实用的信息。GROMACS有一个很烦的东西,就是文件类型有点多(个人观点,不同意可以扔鸡蛋)。对于这个方面,在SENSENBOBO的博客中有详细的阐述,本文将介绍喝总结一个分子初步模拟的步骤和每步的文件输入喝输出。根据我的经验,GROMACS可以用8步来进行分子的初步模拟,再强调一遍,初步模拟~()输入为:::pdb2gmx--watertip4p(-)-ter–ignh括号中的可以不要,。-ter是设定肽链末端的情况-ignh忽略氢原子,以免命名的问题引起的混乱。好了,ls一下看文件夹里多了那些文件,用vi编辑器/more看看这些上述文件的内容,,说盒子的话不够形象,我感觉说空间更可以突出意义,就是为分子周围的建立一个有限制的空间,因为我们下一步就要在分子周围添加水分子喝金属离子以模拟实际的细胞环境,没有空间限制是无法想象的。输入为::&someinfoaboutthebox命令为:editconf--btcubic--c--bt指定了空间(box)的形状cubic是正方体-d指定空间大小,蛋白到空间界限的距离(distance)。目的是使得分子和与之配合的空间更协调,这样需要的空间就可以小一些,可以降低运算量(这是很自然的道理,你问什么收拾房间,)但是在调整分子前,必须先建立一个索引文件。这个可是GROMACS的一打特色。在这里不好讲清楚,不过不要担心,去SENSENBOBO的博客看看,这个家伙有专门的讲述。输入为::()命令为:make_ndx-----c--rotate@@@注意,GROMACS有人性化设计,每次同名文件产生后,将覆盖原来文件,不过不用担心,原来的文件以harhmark(##),还在原文件中。-rotate命令后面添了三个角度,分别表示绕XYZ旋转的度数。这需要将上一步生成的gro文件转换为pdb文件,在VMD/PyMOL中观察。有难度,的有一点经验的。我做的时候SENBO直接告诉旋多少,呵呵所以省了观察。其实这一步不是必须的,只是来优化模拟,觉得有难度可以