[指南]contigexpress+序列拼接.doc

[指南]contigexpress序列拼接此名为ContigExpress的软件可用于做序列拼接,主要使用方法如下:,,,,进入ContigExpress操作界面,如图1。“Project”选择“AddFragments”,一般我们发给您的是AB1文件,如果您有其它格式的文件,也可以选择,在这里我们选择AB1文件,以其为例,如图2。(即我们Email给您的测序结果的彩图文件)的目录,选择文件类型为ALLFILES,之后打开要拼接的AB1,从而添加进ContigExpress软件。在此以A、B两个序列为例,如果有多个序列的也可以同时添加进入。,再选菜单“Assemble”栏下的“AssembleSelectedFragments”命令,或用工具栏上的按钮,如图3。若两个结果能够拼接起来的,会得到一个Assemble1下的contig1的结果,如图4。,打开拼接后的结果,选中菜单“VIEW”栏,进入VIEWOPTION,将SHOWALIGNMENTAS由TEXT改为GRAPH.,点击OK后得到结果如图5。此时可能会因为两条序列的测序结果误差,会有不同的地方,在拼接图片框中的绿色竖杠就表示了这些不同的地方,如图所示。接着可点击绿色竖杠找到有误差的地方,进行修改。,遇到有误差的地方,可以根据峰形来判断是多读还是漏读来进行修改,此时电脑认为是漏读碱基的地方会以点来表示,如图5,此处很明显是A序列上多读了一个G碱基,可将其删除。(注:因为软件本身的问题,只有在拼接过程中是正向的序列才能进行修改操作,若在反向上修改碱基,保存时会产生错误而直接关闭程序。所以若要修改反向序列上的碱基,可先保存后,把原有的Assemble1的结果拆开,点序列图标上的“Name”,如图3,所选中的序列上的一个“name”横栏,使序列按Name的升降次序来排列,把要作为正向的序列放到要作为反向序列上面即可。以此序列为例,将其改变方向后可实现反向拼接,如图6。此时反向拼接中,电脑也会将整条序列自动进行反向