分型技术和实验操作步骤ppt课件.ppt

多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型技术和操作步骤1病原菌分子分型的目的长期研究病原菌的遗传进化病原菌适应来自宿主的高选择性压力因点突变、重组(包括基因转移)等遗传变异短期研究了解病原菌的适应性感染溯源2分子分型方法序列或分类资料为基础的等位基因:多位点序列分析(multilocussequencetyping,MLST)多位点可变数目串联重复序列分析(Multiple-LocusVariable-numbertandem-repeatAnalysis,MLVA)图像分析:脉冲场凝胶电泳(PFGE)随机扩增多态性DNA分析(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)扩增片断长度多态性分析(amplifiedfragmentlengthpolymorphism,AFLP)核糖体分型(ribotyping)等3MLST结果无偏性unambiguousresults有相应的数据库支持internationaldatabases区分度低,Lowdiscriminationpower高花费,highcost:sequencing不适合常规检测和暴发调查,unsuitableforroutinesurveillanceandepidemiologicalstudies4VNTRVNTR:可变数目出那里重复序列,TTG侧翼序列重复单元518bp*ATGGCGCTGGGCTGCTGGAGCGAGCAGGAGCTGGTGGGCGAGCAGGAGCTGGTGGGCGAGCAGGAGCTGGTGGGCGAGCAGGGAVNTR产生的原因:聚合酶的滑链复制6100bp200bp300bpGelmigrationStrainCDC1551:5x15bpStrainH37Rv:4x15bpstrainCDC1551:230bpstrainH37Rv:215bp230bp215bp200bpPCRprimers:AGGACACPCR215bp230bpTRF软件(TandemRepeatsFindersoftware),://--F上游序列VNTR重复下游序列重复拷贝数=扩增大小-上下游序列重复单元的大小Primer-R取整:就近取整或去除小数取整8串联重复序列可变重复数目的判定9MLVA方法多位点可变数目串联重复序列分析可变数目串联重复:VNTR:MLVA方法:即VNTR的数组例如:MLVA1型735266210233136ST1++----10