针对G蛋白偶联受体序列信息的综合分析教学教材.ppt

针对G蛋白偶联受体序列信息的综合分析开题背景G蛋白偶联受体(GProtein-CoupledReceptors,GPCRs),是一大类膜蛋白受体的统称。这类受体的共同点是其立体结构中都有七个跨膜α螺旋,且其肽链的C端和连接第5和第6个跨膜螺旋的胞内环上都有G蛋白(鸟苷酸结合蛋白)的结合位点。G蛋白偶联受体能结合细胞周围环境中的化学物质并激活细胞内的一系列信号通路,最终引起细胞状态的改变。已知的与G蛋白偶联受体结合的配体包括气味,费洛蒙,激素,神经递质,趋化因子等等。与G蛋白偶联受体相关的疾病为数众多,并且大约40%的现代药物都以G蛋白偶联受体作为靶点。2012年诺贝尔化学奖授予两位美国科学家罗伯特·莱夫科维茨()和布莱恩·克比尔卡(),因其在“G蛋白偶联受体研究”做出重要贡献。课题研究的主要内容在GenBank中查找该蛋白质序列,pIdent、ProtParam、ProtScale、TMpred、SignalP、COILS、PROSITE、InterProScan、blastp软件分析这条蛋白序列的基本信息、特征信息和功能信息。方法及步骤基本信息功能信息特征信息氨基酸组成理化性质跨膜区段信号肽卷曲螺旋基序结构域同源性GenBank查找序列ProtParamGenBankTMpredSignalPCOILSPROSITEInterProScanblastpTMpred软件分析GPCR156蛋白的跨膜区段TMpred可用于对蛋白质跨膜区预测、定位,该方法基于统计学结果,通过权重矩阵打分进行预测分析。登陆TMpred分析官网(.org/software/),在登陆界面输入GPCR156蛋白的氨基酸序列,单击“RunTMpred”运行。从第一图中看出从内到外或从外到内均可形成7个跨膜区段,跨膜区的位置大致相同。另外,还给出了跨膜螺旋的得分以及中心位点,得分均大于500,因此,跨膜螺旋有意义。从第二幅图可以看出从外到内的跨膜有4处(48-72,124-143,223-241,260-277)得分明显高于从内到外的得分,表现出很强的由外到内趋势。由外到内的总得分是13798,而由内到外的总得分是12833,因此给出了建议的模型,软件分析认为该蛋白的跨膜是从N末端开始由外到内然后再由内到外依次排列的7次跨膜。