计算机辅助药物设计实验的探索与心得.doc

计算机辅助药物设计实验的探索与心得.doc计算机辅助药物设计实验的探索与心得计算机辅助药物设计实验的探索与心得摘要计算机辅助药物设计是一门较新兴的学科,是药物科学领域的前沿学科。我们大学生创新实验小组的研究主要围绕计算机辅助药物设计,通过药物分子对接、药效团模型、3D-QSAR以及高通量虚拟筛选等技术来研究大创课题一一靶向ERR的计算机辅助抗II型糖尿病药物设计研究。全文主要讲述实验研究内容、研究过程和实验中的收获与心得。 关键词计算机辅助药物设计大学生创新实验探索中图分类号:G424文献标识码:AExp]puter-aidedDrugDesignExperimentWANGSijie,LTXiaopeng,HAOChenye,LTUGuixia,LTWeihua,TANGYun(SchoolofPharmacy,EastChinaUniversityofScienceandTechnology,Shanghai200237,China)puter-aideddrugdesignisarelativelynewdiscipline,-,pharmacophoremodel,3D-QSARandhigh-throughputvirtualscreeningtechnology,,theresearchcontentsandtheprocess,-aideddrugdesign;undergraduate;innovativeexperiment;exploration0弓I言 药物化学家们一直使用着药物设计思想,他们在对先导化合物进行优化时所使用的生物电子等排原理、前药原理以及拼合原理等,就是传统的、定性的、经验型的设计思想。这些方•法不需要对靶标结构有深入的了解,具有较强的实用性,但较难突破原来化合物的框架,因此主要用于先导化合物优化。随着计算机科学技术的发展,计算机在药物发现中的应用越来越广,逐渐出现了计算机辅助药物设计思想,即以计算机为工具,根据已掌握的靶标结构知识和/或已知活性化合物的知识,对药物-靶标相互作用机理进行归纳、分析和预测,从而指导下一步药物分子的合成。通过计算机辅助设计和筛选,一方面可以加速先导化合物的发现和优化,从而缩短药物研究与开发的周期;另一方面还可以降低开发的成本,减少人力、物力和财力的浪费。短短四十几年来,计算机辅助药物设计在药物从概念到上市的过程中起着越来越关键的作用,已形成一门新兴交叉学科。因此,在药学本科专业介绍计算机辅助药物设计知识,让学生了解相关学科的内容,已是学科发展的必然要求。 1实验基地 药物设计实验是一•种特殊的实验,需要在计算机房、并有一定的软硬件设施才能进行。学院2005年8月开始筹建实验室,通过教育部修购基金、校