基因组学重点分类修订版.docx

基因组学(Genomics):指以分子生物学技术、计算机技术和信息网络技术为研究手段,以生物体内全部基因为研究对象,在全基因背景下和整体水平上探索生命活动的内在规律及其内外环境影响机制的科学。C值悖理(矛盾)(C-valueparadox):在结构、功能很相似的同一类生物中,甚至在亲缘关系十分接近的物种之间,它们的C值可以相差数10倍乃至上百倍。隔裂基因(splitgene):指基因内部被一个或更多不翻译的编码顺序即内含子所隔裂。重叠基因:编码序列彼此重叠的基因。基因内基因:在核基因组中较普遍,常在内含子包含其他基因。反义基因:与已知基因编码序列互补的的负链编码基因,参与基因的表达调控,可以干扰靶基因mRNA转录与翻译。克隆重叠群法(clonecontigmethod,作图法测序):以大片段定位的克隆为基础的定向测序战略主要采用克隆步移法或称重叠群法。这种逐步测序的方法花时间多,但精确。全基因组鸟枪法(whole-genomeshotgunmethod):是随机先将整个基因组打碎成小片段进行测序,最终利用计算机根据序列之间的重叠关系进行排序和组装,并确定它们在基因组中的正确位置。全基因组鸟枪法是一种快速获得真核基因组的方法。遗传作图(icmapping):采用遗传学分析方法将基因或其它DNA序列标定在染色体上构建连锁图。这一方法包括杂交实验,家系分析。遗传图距单位为厘摩(cM),每单位厘摩定义为1%交换率。(相对位置)物理作图(Physicalmapping):采用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组实际位置。物理图的距离依作图方法而异,如辐射杂种作图的计算单位为厘镭(cR),限制性片段作图与克隆作图的图距为DNA的分子长度,即碱基对(bp,kb)。(绝对位置)微卫星序列(SSR):或称简单串联重复(STR),重复单位较短。重复序列只有1-6个核苷酸,分布在整个基因组,10-50个重复单位。LOD值:是指基因连锁可能性的对数,用于初步判断所研究的2个基因是否位于同一染色体上。限制性作图:将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置。重叠群(contig):可以通过末端的重叠序列相互连接形成连续的DNA长片段的一组克隆称为重叠群。指纹:指确定DNA样品所具有的特定DN***段组成,一个克隆的指纹表示了该克隆所具有的指定序列的特征,可以同其他克隆产生的同类指纹比较。STS作图(指纹作图序列标签):根据STS序列设计引物,扩增文库当中的克隆,能扩出条带的克隆都含有序列重叠的插入子。作图试剂(mappingreagent):STS作图过程中将已知的STS定位在染色体或基因组中的DNA区段,这些STS标记和作图用的染色体区段以及DNA克隆。辐射杂种群(radiationhybridpanel):通过放射杂交产生的融合细胞群称为辐射杂种群。双脱氧链终止法(thechainterminationmethod):是通过合成与单链DNA互补的多核苷酸链来读取待测DNA分子的顺序。化学降解法(chemicaldegradationmethod):是将双链DNA分子用化学试剂处理,产生切口,用同位素标记进行测序。覆盖面(或深度):每个核苷酸在完成顺序中平均出现的次数,或者说完成顺序的长度与组装顺序长度之比。BAC末端序列(BAC-endsequenced