大黄鱼微卫星DNA标记的开发及其研究进展.docx

大黄鱼微卫星DNA标记的开发及其研究进展.docx大黄鱼微卫星DNA标记的开发及其研究进展摘要:本文通过概述了大黄鱼微卫星标记开发现状的研究成果和应用进展,以期为微卫星标记方法在水产养殖遗传学研究方向的发展提供基础资料。关键词:大黄鱼;微卫星标记;研究大黄鱼,硬骨鱼纲,鲈形目,石首鱼科,黄鱼属。又名黄鱼是我国重要的海水养殖鱼类,曾有中国“海洋四大经济鱼类”之称。大黄鱼肉质较好且味美,鱼鳔可干制成名贵食品“鱼肚”,又可制“黄鱼胶”。大黄鱼肝脏含维生素A,为制鱼肝油的好原料。耳石可作药用。自1987年突破人工繁殖以来,大黄鱼养殖规模和范围不断扩大,至2010年,,产值约65亿元的产业。但是,在大黄鱼人工养殖与繁育中发现其经济性状,尤其是鱼肉品质及抗病力等方面出现了比较严重的衰退。分析大黄鱼的遗传多样性,对保护和利用资源,建立良种培育体系有重要意义。随着分子生物学的发展,人们开发了RAPD、RFLP、AFLP等标记,由于微卫星标记有优于其它标记的诸多特点,在遗传图谱的构建、遗传多样性分析和种质鉴定等方面得到广泛的应用。微卫星DNA,又称短串联重复序列或简单序列重复,是以1-6个核苷酸为基本单位(核心序列),首尾相连组成的串联重复序列。根据核心序列排列方式的不同,Weber等将微卫星分为完全、不完全和复合型三类。(1)完全型微卫星是指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成;(2)不完全型微卫星是指在微卫星的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但其两端的连续的核心序列重复数大于3;(3)复合型微卫星是指两种或两种以上的串联核心序列由3个或3个以上连续的非重复碱基分隔开,连续的核心序列重复数不少于5。由于核心序列的重复数不同,引起了物种间,甚至种内不同个体间微卫星位点的多态性。研究表明,不同的物种微卫星的含量和分布各不相同,并且微卫星的重复类型在不同的生物中也差异很大。微卫星标记属于特异性标记,其引物开发要在明确物种DNA序列的前提下进行,所以开发成本较大。目前从动物基因组中获得微卫星标记的途径有多种,以下方法被用于大黄鱼微卫星DNA标记的开发中。一、从DNA文库中开发生物信息学技术是微卫星DNA分子标记开发的有力工具之一。目前,东方红鳍豚、文昌鱼和海胆等海产动物的全基因组测序已完成,积累了大量的基因组序列和表达序列标签(expressedsequencetag,EST)数据,NCBI,EMBL,DDBJ和GDB等数据库为微卫星标记的开发提供了丰富的资源。大黄鱼EST序列有4200个在GenBank上注册。基于生物信息学技术开发SSR标记的基本流程包括,从公共基因数据库(如EMBL、GenBank和DDBJ等)下载DNA序列(多为EST数据),然后利用相应软件寻找含有SSR的序列,最后根据其两端的保守性序列设计SSR引物并进行扩增验证。谢芳靖等通过构建大黄鱼性腺线性化cDNA文库,并经测序后获得3535条EST,对其二碱基至六碱基重复序列进行筛选,共发现微卫星位点150个,%;其中包括二碱基重复序列64条,三碱基重复序列80条,四碱基重复序列5条,五碱基重复序列1条;三碱基重复序列是最丰富的重复单元,%。在这些微卫星序列中,(TG/GT/AC/CA)n形式在二碱基重复中最为常见,(GAG/AGG/T)n形式在三碱基重复序列中最为常见,分别占微卫星序列总数的26