用MEGA作进化树.doc

用MEGA2做进化树的步骤(图示)1、打开程序如下图所示:2、MEGA2只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来,我们在这里用aln格式(Clustal的输出文件)转换meg文件。点toMEGAFormat...打开转换文件对话框如下图所示:3、选择文件和转换文件对话框,选择aln文件,点OK如下图所示:4、转换好的meg文件,点存盘保存meg文件,meg文件会和aln文件保存在同一个目录如下图所示:5、关闭转换窗口,回到主窗口,现在点面板上的“Clickmetoactivateadatafile”打开刚才的meg文件如下图所示:6、选择meg文件,点“打开”如下图所示:7、程序会自动识别序列的类型,如果识别错误,请手工选择数据类型。然后点OK就行了如下图所示:8、数据输入之后的样子,窗口下面有序列文件名和类型如下图所示:9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了,MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析,Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法,可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同,但是操作方法基本一致,我们在此以UPGMA方法为例进行演示。点下图所示的菜单项。如下图所示:10、...会弹出如下的对话框,在此你可以选择计算参数。如下图所示:11、DistanceOptions标签页中的Models可以下拉,其中有若干个计算距离的方法可以选择,在此默认泊松校验(PoissonCorrection)作为计算距离的方法。如下图所示:12、Includesites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法,在此也用默认方法如下图所示:13、系统进化树的测试方法,可以选择用Bootstrap,也可以选择不进行测试。重复次数(Repli