ClustalX使用方法~~~我咋看不懂呢.ppt

多序列比对的原理以及 clustal 在多序列比对中的应用内容提要?多序列比对的意义?多序列比对的方法?自动多序列比对的算法? Clustalx 的使用( clustal 法) ?实例分析序列相似性比较和序列同源性分析序列相似性比较: 就是将待研究序列与 DNA 或蛋白质序列库进行比较, 用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有 BLAST 、 FASTA 等; 序列同源性分析: 是将待研究序列加入到一组与之同源,但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较,以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有 CLUSTAL 等; 多序列比对的意义?用于描述一组序列之间的相似性关系, 以便了解一个基因家族的基本特征,寻找 motif ,保守区域等。?用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近,应用到分子进化分析中。?其他应用,如构建 profile ,打分矩阵等。?同源性分析中常常要通过多序列比对来找出序列之间的相互关系,和 blast 的局部匹配搜索不同,多序列比对大多都是采用全局比对的算法。这样对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程,特别是序列数目多, 且序列长的情况下。多序列比对的方法多序列比对的方法基本上多序列比对可以分为 1. 手工比对(辅助编辑软件如 bioedit , seaview , Genedoc 等) 通过辅助软件的不同颜色显示不同残基,靠分析者的观察来改变比对的状态。 (如同步法,渐进法等),由计算机程序自动搜索最佳的多序列比对状态。自动多序列比对的算法 。即用矩阵的维数来反映比对的序列数目。这种方法的计算量很大,对于计算机系统的资源要求比较高,一般只有在进行少数的较短的序列的比对的时候才会用到这个方法。自动多序列比对的算法 clustal 所采用的方法。其基本思想就是基于相似序列通常具有进化相关性的这一假设。 Clustal 的渐进比对过程在比对过程中,先对所有的序列进行两两比对并计算它们相似性分值,然后根据相似性分值将它们分成若干组,并在每组之间进行比对,计算相似性分值。根据相似性分值继续分组比对,直到得到最终比对结果。在比对过程中,相似性程度较高的序列先进行比对而距离较远的序列添加在后面。多序列比对工具- clustalX Clustal 是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具,由 Higgins . 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本,包括 linux 版, DOS 版的 clustlw , windows 版本的 clustalx 等。