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基因组数据注释和功能分析课件.ppt


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实****一 基因组数据注释和功能分析丁文超 金呈朦 沈学彬 周国艳实****一基因组数据注释和功能分析实****二核苷酸序列分析实****三芯片的基本数据处理和分析实****四蛋白质结构与功能分析实****五蛋白质组学数据分析实****六系统生物学软件实****课程内容基因组学转录物组学蛋白质组学系统生物学通过序列比对工具BLAST学****了解蛋白编码基因的功能注释原理介绍多序列联配工具ClustalX分子进化分析软件MEGA5的基本知识,掌握系统发生树绘制的基本方法课程提纲序列比对的进化基础什么是序列比对:将两个或多个序列按照最佳匹配方式排列在一起。对应的相同或相似的符号排列在同一列上。错配与突变相应,空位与插入或缺失对应。序列比对的目的:从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点,以推测他们的结构、功能以及进化上的联系通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性相似性:可以被数量化,如:序列之间相似部分的百分比同源性:质的判断,两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断BLAST基本局部比对搜索工具(BasicLocalAlignmentSearchTool)NCBI上BLAST服务的网址::ftp://:ftp://,进行SEG过滤blastnNucleotideNucleotide比较核酸序列与核酸数据库寻找较高分值的匹配,对较远的关系不太适用blastxNucleotideProtein比较核酸序列理论上的六个读码框的所有转换结果和蛋白质数据库用于新的DNA序列和ESTs的分析,可转译搜索序列tblastnProteinNucleotide比较蛋白质序列和核酸序列数据库,动态转换为六个读码框的结果用于寻找数据库中没有标注的编码区,可转译数据库序列tblastxNucleotideNucleotide比较核酸序列和核酸序列数据库,经过两次动态转换为六个读码框的结果转译搜索序列与数据库序列以Blastx为例:GC6个读码框翻译5’端到3’端第一位起始:GC第二位起始:GC第三位起始:GC3’端到5’端第一位起始:GCGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT第二位起始:CGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT第三位起始:GGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT

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  • 时间2020-08-12