分子生物学软件课件.ppt

分子生物学软件介绍分子生物学软件介绍?刘吉平? liujiping@ ? ./zh wxxx/ 一、实验准备阶段一、实验准备阶段??一般要查一些与实验相关的文献一般要查一些与实验相关的文献, ,以便对以便对自己所要做课题的最新进展有一个基本自己所要做课题的最新进展有一个基本的了解,从而确定自己的实验策略。的了解,从而确定自己的实验策略。??较常使用软件: 较常使用软件: Reference Manager Reference Manager 1. 1. Reference Manager Reference Manager 可以在线通过查找关键词搜索可以在线通过查找关键词搜索 PubMed PubMed 和和609 609 个个 数据库中的专业资料数据库中的专业资料, ,同时保存查找的资料为本地文同时保存查找的资料为本地文件。件。资料内容和记录分上下两个屏幕,如有全文或想连接资料内容和记录分上下两个屏幕,如有全文或想连接网络时敲键盘就可到相应的全文文章和摘要。可以网络时敲键盘就可到相应的全文文章和摘要。可以直接在直接在 WORD WORD 中查找资料,并插入引用。中查找资料,并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化,引用的参考资料在文章中对引用的文献可以格式化,引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能,可以符合各种杂志格式有很强的用户自定义功能,可以符合各种杂志对引用格式的要求,引用时不用多窗口切换。对引用格式的要求,引用时不用多窗口切换。 Reference Manager 9 Reference Manager 9 界面界面 2. Endnote 2. Endnote ??是一个在线专业资料查找系统是一个在线专业资料查找系统, ,可以保存可以保存查找资料查找资料, ,并在文章中对引用格式化并在文章中对引用格式化. .二、二、实验实施阶段实验实施阶段随着实验的进行,就必须对实验过程中的随着实验的进行,就必须对实验过程中的 DNA DNA 、、 RNA RNA 和蛋白质的信息进行各种处理,包括和蛋白质的信息进行各种处理,包括 1. 2. 3. 4. 5. (motif) (motif) 查找查找 6. 6. RNA RNA 二级结构预测二级结构预测 7. 8. 。三维结构显示等方面的内容。 1 1、、综合软件综合软件 Omiga Omiga ?? Omiga Omiga 作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。蛋白质或核酸序列,分析序列组成。??用用 Clustal. W Clustal. W 进行同源序列比较,发现同源区。进行同源序列比较,发现同源区。??查找核酸限制性酶切位点、基元( 查找核酸限制性酶切位点、基元( Motif Motif )及开)及开放阅读框( 放阅读框( ORF ORF ),设计并评估),设计并评估 PCR PCR 、测序引物。、测序引物。??查找蛋白质解蛋白位点( 查找蛋白质解蛋白位点( Proteolytic Sites Proteolytic Sites )、基)、基元、二级结构等。元、二级结构等。??查寻结果可以以图谱及表格显示,表格设有多种查寻结果可以以图谱及表格显示,表格设有多种分类显示形式。分类显示形式。??另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。肽酶处理后产生多肽片段。 Omiga ORF Map Omiga ORF Map DNASIS DNASIS ?? DNASIS for Windows DNASIS for Windows 版是日立软件公司版是日立软件公司( ( Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd. Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd. ) )97 97年年推出的一个功能强大的序列分析软件。推出的一个功能强大的序列分析软件。??包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行进行 DNA DNA 、、