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BLAST算法简介

2008.3.31

谢忱

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BLAST简介

BLAST算法

BLAST应用

BLAST

¾Basic Local Alignment Search Tool

¾是一 种基于成对局部序列比对的数据库相
似性搜索工具

¾Altschul et al. 1990
关于序列比对(Sequence Alignment )

¾序列比对的目的是找出序列间的相近程度。

¾用于推测序列的共同区域;推测该核酸或
蛋白功能;以及推测一组序列是否起源于
同同祖先一祖先。
序列比对的生物学意义

¾序列比对的目的是将 一组序列所有位置上
的来源于祖先序列上相同位置的碱基或氨
基酸残基连配起来。


(From GaoG)
成对序列比对vs多序列比对

¾成对序列比对(Pairwise Sequence
Alignment)用来基于序列相似性确定之前
未知的生物学关系。

¾多序列比对(Mutiple Sequence Alignment)
用于基于已知的一组序列间的生物学关系
确定未知的保守区域。
打分函数(SiFScoring Functi on)

¾用来测量候选比对的质量

¾包括打分矩阵和空位罚分

¾打分矩阵(Scoring Matrix)

¾PAM

¾BLOSUM

¾空位罚分(Gap Penalty)

¾线性(Linear) & 仿射(Affine)
氨基酸打分矩阵(SiMtiScoring Matrix)

¾PAM:Percent Accepted Mutation


Dayhoff 1978
氨基酸打分矩阵(SiMtiScoring Matrix)

¾BLOSUM:BLOcks SUbstitution Matrix


Henikoff et al. 1992
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