实验2-序列查询(Entrez)、BLAST序列相似性搜索.pdf

实验二：序列查询(Entrez)、BLAST 序列相似性搜索
实验目的：
1. 学会用 Entrez 系统查找目标序列
2. 学会使用 BLAST 在数据库中搜索相似序列
3. 学会分析数据库搜索结果
实验内容：
一、Entrez
Entrez 是一个由 NCBI 创建并维护的基于 Web 界面的综合生物信息数据库检索系统。用
户不仅可以方便地检索 Genbank 的核酸数据，还可以检索来自 Genbank 和其它数据库的蛋白
质序列数据、基因组图谱数据、来自分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构数据、种群
序列数据集、以及由 PubMed 获得 Medline 的文献数据。
网址： /（或在 NCBI 主页默认 All Databases 时点击搜
索框右边的 Search 进入）。如 Figure 所示：

Figure entrez 检索系统子数据库
点击搜索框右边的 help 按钮，即可进入 Entrez 帮助页面。

在搜索栏输入你要查找的关键词，点击“GO”即可开始搜索。如果输入多个关键词，它
们之间默认的是“与”（AND）的关系。
:搜索的关键词可以是一个单词，短语，句子，数据库的识别号，基因名字等等，
但必须明确，不能是gene, protein等没有明确指向的词语。但“
”这样有一定范围的词是可以接受的。可以用你感兴趣的领域的专业术语，也可以是
非专业术语，比如：， peroxidase, myoglobin。
输入关键词，点击“GO”之后，每个数据库图标前方出现了数字,代表的是在相对应的数
据库里搜索到的条目数。点击进入对应的数据库，可以查看搜索到的条目。如果在数据库图
标前面为灰色，显示“none”,说明在对应的数据库里没有搜索到任何结果。
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也可以直接通过 NCBI 任一页面上的搜索栏进行 Entrez 搜索。点击“search”后面的下拉
菜单，选择数据库，在下面的文本框里输入关键词，点击“Search”即可(Figure )。

Figure 数据库选项下拉菜单
但是这种简单搜索会产生大量的结果，其中很多信息都不是我们所需要的，NCBI 为我们
提供了“Limits”、“Advanced Search”等辅助功能，只有充分理解并熟练运用这些工具进行复杂
的检索，才能充分发挥 Entrez 的强大功能，实现精确高效的检索。
A:limits
Limits 限制性搜索可以根据该数据库结构，将输入的关键词的查询范围限制在某个范围
内，如领域、编号、代码、提交日期等。不同的数据库，其限定内容略有不同。
以 Nucleotide 数据库为例搜索 hemoglobin，点击进入搜索结果页面后（Figure ），在
页面上方搜索栏下有 “Limits”，“Advanced”选项。

Figure search result

点击 Limits 进