基因组数据分析PPT课件.ppt

基因组数据注释和功能分析
1
精选2021最新课件
通过序列比对工具BLAST学****了解蛋白编码基因的功能注释原理
介绍多序列联配工具ClustalX
分子进化分析软件MEGA4的基本知识，掌握系统发生树绘制的基本方法
2
精选2021最新课件
序列比对的进化基础
序列比对的目的：
从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以推测他们的结构、功能以及进化上的联系
通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性
相似性：直接的数量关系，如：序列之间相似部分的百分比
同源性：质的判断，两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断
3
精选2021最新课件
BLAST
基本局部比对搜索工具 (Basic Local Alignment Search Tool)
NCBI 上 BLAST 服务的网址：
/
NCBI 的 BLAST 程序及数据库下载网址：
ftp://
4
精选2021最新课件
选择物种
选择blast程序
5
精选2021最新课件
Query Sequence
Amino acid Sequence
DNA Sequence
tBLASTx
BLASTx
BLASTn
tBLASTn
BLASTp
Nucleotide
Database
Protein
Database
Nucleotide
Database
Nucleotide
Database
Protein
Database
Translated
Translated
6
精选2021最新课件
程序名
搜索序列
数据库
内容
备注
blastp
Protein
Protein
比较氨基酸序列与蛋白质数据库
使用取代矩阵寻找较远的关系，进行SEG过滤
blastn
Nucleotide
Nucleotide
比较核酸序列与核酸数据库
寻找较高分值的匹配，对较远的关系不太适用
blastx
Nucleotide
Protein
比较核酸序列理论上的六框架的所有转换结果和蛋白质数据库
用于新的DNA序列和ESTs的分析，可转译搜索序列
tblastn
Protein
Nucleotide
比较蛋白质序列和核酸序列数据库，动态转换为六框架结果
用于寻找数据库中没有标注的编码区，可转译数据库序列
tblastx
Nucleotide
Nucleotide
比较核酸序列和核酸序列数据库，经过两次动态转换为六框架结果
转译搜索序列与数据库序列
7
精选2021最新课件
与核酸相关的数据库
与蛋白质相关的数据库
8
精选2021最新课件
选择数据库
序列或目标序列的GI号
以文件格式上传
9
精选2021最新课件
配对与错配
空位罚分
10
精选2021最新课件