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一个集合了tcgapubmedkeggtransfac……的基因查询工具 是怎样的存在.doc


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一个集合了tcgapubmedkeggtransfac……的基因查询工具 是怎样的存在
做科研有三种痛不能忍,一种是脑袋空空没思路,二是辛辛苦苦没成果,三是别人轻轻松松发文章。今儿先和大家聊聊课题思路方面的事儿,今天主题我们选了基因研究,为啥?生信火,大数据火,这两个都绕不开基因。
所以你的日常可能是这样的:1花了老大笔钱测了序,筛了一堆让人傻眼的基因,接下去怎么做?2挖了数据分析了半天,还是一堆看不出所以然的基因,接下去呢?3看文献相中了一个感兴趣的基因,那我可不可以就做这一个?
归纳一下就两个问题:1、怎么确定一个基因可以做;2、基因研究该怎么做。
这两个问题也是老生常谈了,但攻略干货看起来简单,回归到实际问题还是得文献数据库来回翻。今天就来解决点实际问题:
看看如何快速判断一个基因是否值得做,怎么做。用到的一个懒人工具——基因雷达,非常适合文献和数据库不对付的亲,只要输入你感兴趣的基因,基因的科研热度,相关疾病,调控网络和在癌症中的表达值四个层面就全出来了。似乎从此可以脱离苦海了。
1如何省时省力确定一个基因可以做
先看差异表达比如说你翻翻翻文献看到了一个还不错的基因CCL5(PMID:17914389,乳腺癌),也想研究下,但自己没有数据,不知道这个基因在你研究中的疾病到底是个什么情况。不用翻TCGA,你就可以在基因雷达中中查看CCL5在33种肿瘤中正常组织和癌组织的表达情况。在工具中输入CCL5,选择表达概况,就可以得到下面的结果。
(点开看大图)PS:表达概况是基于TCGA的RNA-SEQv2数据中的标准化数据文件中的表达值进行直接使用(数据收集时间为2016年6月)。
CCL5在乳腺癌转移中有重要作用,通过下面数据可以推测CCL5在某些肿瘤中高表达也可能具有转移作用,比如膀胱膀胱尿路上皮癌(BLCA)。再看研究概况好,有数据依据了,那CCL5别人都研究到什么程度了呢?这时你可以通过工具中的研究热点来看。研究热点根据基因在数据库中的注释情况,从相关文献、通路、功能、已验证的靶向miRNA、和疾病五个角度来统计和评价基因研究情况。
(点开看大图) PS : 绿色代表目标基因,灰色代表了数据库中众基因在 各个层面的中位数。1. 相关文献:被文献报道的总次数;2. 通路:即根据KEGG数据库统计基因参与的通路的数 量;3. 功能:即根据Go数据库(Gene Ontology,基因本 体学数据库),统计基因参与的功能(生物过程)的数 量。4. 已验证的靶向microRNA:已经有文献发表验证的 miRNA的数量。5. 疾病:已经有文献发表的疾病数量。
从上图绿色包围灰色的形势看,这个CCL5也算研究的热门了。点击相应的内容,可以进入到对应的数据界面。
那CCL5都在哪些疾病中研究过了呢?点击“disease”就可以跳转到疾病界面,它统计了基因的研究最多的疾病TOP 20。我们关注CCL5在癌症转移方面的研究,找到“癌症转移”,不算太多,点击即可进入文献详情页面。(点开看大图)
好用不?下面解决下第二个问题。2
确定基因后如何快速确定下一步怎么做
现在假设CCL5是可以作为我们后续的研究对象,在基因层面,一般的思路是先做基因的功能验证,再探讨基因的作用机理。前者比较常规,在

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  • 时间2021-07-28