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基于基因芯片的肾母细胞瘤生物信息学分析.pdf


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基于基因芯片的肾母细胞瘤生物信息学分析.pdf
文档介绍:
临床与病理杂志
2021, 41(1) http://lcbl.amegroups.com
20 J Clin Pathol Res
doi: 10.3978/j.issn.2095-6959.2021.01.003
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基于基因芯片的肾母细胞瘤生物信息学分析
瞿根义*,王佳威*,徐勇,阳光,聂海波,黄文琳,汤乘
(中南大学湘雅医学院附属株洲医院泌尿外科,湖南 株洲 412007)
[摘 要] 目的:整合并利用生物信息学分析肾母细胞瘤基因表达谱芯片,挖掘肾母细胞瘤发生的关键基
因。方法:利用GEO2R在线分析工具对GEO数据库肾母细胞瘤基因芯片数据GSE2712进行差异
表达基因筛选,使用R软件对差异表达基因进行火山图绘制,进一步结合DAVID和STRING在线
生物信息学工具对差异表达基因进行调控网络分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein
interaction,PPI)网络,使用Cytoscape软件进行Hub基因筛选。结果:共筛选出肾母细胞瘤差异
表达基因955个,其中表达上调基因157个,表达下调基因798个。对差异表达基因进行GO富集分
析和KEGG通路富集分析,利用在线生物信息学工具构建PPI网络,使用Cytoscape软件获取PPI网
络中前10位Hub基因,分别是FN1,ALB,VEGFA,KDR,IGF1,PECAM1,FLT1,TEK,FGF1和
ANGPT1。结论:应用生物信息学能有效分析基因芯片数据,获取肾母细胞瘤发生的关键基因,
为肾母细胞瘤的治疗提供新的思路。
[关键词] 肾母细胞瘤;生物信息学;差异表达基因;关键基因
Bioinformatics analysis of gene chip related to Wilms tumor
QU Genyi*, WANG Jiawei*, XU Yong, YANG Guang, NIE Haibo, HUANG Wenlin, TANG Cheng
(Department of Urology, Zhuzhou Hospital Affiliated to Xiangya School of Medicine, Central Sout
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