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基于加权基因共表达网络分析识别抑郁症的差异表达基因模块.pdf


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基于加权基因共表达网络分析识别抑郁症的差异表达基因模块.pdf
文档介绍:
万方数据
籧?榈氖嗯蛭f基因模块和鍪嗯朋縧犯、跹:陀、,盱⒉、和辏,可能与抑郁症显著相关;这龌蚰?榭赡茉基于加权基因共表达网络分析识别抑郁症的差异表达基因模块◎Ⅵ悖韉究和,粝,倜络首发】盒瞫..琹,锄甊...甴..::耿瑞杰。姚琳甜,黄欣欣硭秤,苑成梅:槲,吕钦谕跚熘,易正辉翻,方贻儒冉、配,【摘要】目的·采用加权基因共表达网络分析数阈值设定为时,参数庐,以此构建基因数据集的共表达网络。应用混合动态树切割方法切割网络产生基因模块。采用进行后续研究。模块的枢纽基因为朋丶省恳钟糁ⅲ患尤ɑ蚬脖泶锿绶治觯徊钜毂泶锘颍皇嗯】./甶型挤掷嗪拧縍南妆曛韭隴衖痠.,,、.虾=煌ù笱аП医学版吹┐笱Ц绞糁猩揭皆盒睦硪窖Э疲虾.上海交通大学医学院附属精神卫生中心精神科,上海;虾J衅侄虑汇精神卫生中心精神科,上海;虾V幸揭┐笱е幸┭芯克窬├硎笛槭遥虾.中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心,上海;虾J兄匦跃癫≈氐闶笛槭遥虾,探索抑郁症相关的差异基因模块及其枢纽基因,并对差异基因模块进行生物功能注释。方法·在之前对钟糁⒒颊呒名健康对照者哉兆的外周血瓜微阵列分析实验的基础上,应用煅樯秆∫钟糁⒒颊哂攵哉兆榈牟钜毂泶锘颍ü齊软件蟹治觯坏惫亓O相关性检验评估基因模块和抑郁症之间的相关性,分别选取与抑郁症正相关性和负相关性最强的基因模块,并选择模块内连接性最强的前龌蜃魑J嗯颉W詈罄肎δ芨患治龊蚻江通路分析对瞿?榻泄δ茏⑹汀=峁ご鲅分谢竦个差异表达基因,从中识别出龌蚰?椋≡窭渡?尺.,畂颓嗌?.,.、素和翻瞖I锕δ茏⑹头⑾郑琧?榈幕蛑饕8患谂胎发育、细胞生长、免疫及炎症等生物学过程,模块基因则主要在物质加工转运及感染等方面富集。结论·得到鐾庵苎猰胚胎发育、免疫和炎症反应、物质加工转运等方面发挥作用。胒瞳¨甤:翹帆沁斟嘴詂【】脏∞籧唬琘琇,瓺印可畓啊谢..迀辢撕緊可苙瑂甤:瓺蒔梗甆辧.曲越如边筎餓’曲..紏趖訮斑甋辝琣甅,畐璉蝐口鷇甌“【基金项目抑氐阊蟹⒓苹还易匀豢蒲Щ,簧虾=煌ù笱б糯ǚ⒂刖裆窬膊〗逃恐氐闶笛槭铱7趴题:上海市浦东新区卫生系统重点专科建设资助项目【.簧虾J形郎图苹被崆嗄晗钅【作者简介】耿瑞杰,女,住院医师,硕士;电子信箱:.甴叫..。【通信作者】姚琳,电子信箱:.R渍裕缱有畔洌簓.!N9餐ㄐ抛髡摺【,.哆;辳仇—籝鰅“.【膕鬿縔珽·:.甕甴,:.鎠’‘.產琀×琘,猰琀·,溃現穖’“.,口如..甤諷.如色竬甌甈体玎“癶瓼籒“猚、,..
万方数据
上海交通大学学报窖О,,韵笥敕椒肋‰例。入组时抑郁症患者汉密尔顿抑郁量表锄唧琣见的精神疾病,具有高患病率、高致残率、疾病负担沉双生子研究凹允疽钟糁⒌囊糯ǘ仍嘉ィ炻约为%。家系研究曲崾疽钟糁⒃诩易逯谐示奂窒螅在一般人群中鉴定与抑郁症相关的基因仍未取得显著成。有研究¨分别在抑郁症首发阶段分析患者的蚋龀H旧搴蛒染色体的谝钟糁⒏发阶段分析鼋】刀哉盏个常染色体浣峁允久挥衧同时在抑郁症的鼋鼋】刀哉照叩淖晕冶ǜ抑郁症患者血液基因表达谱的微阵列的研究和庑絩诟飨钛芯恐胁钜旖洗螅幌钛芯恐屑ǔ龅拇蟛分茨茉谄渌芯恐斜恢馗椿竦谩K淙灰钟糁⒁糯度较高,但是目前研究结果不甚理想:一方面可能是因基因功能水平的研究已经限制了我们探索抑郁症分子机之间的相互作用成为下一步的研究热点。加权基因共表曲觚法,它基于无尺度拓扑结构进行相似性度量和设定阈值,方法更
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