基因组测序、组装与分析总结 Public Library of
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获取基因组大小
杂合度估计
问题的,某些物种取样本身就
是一个挑战的问题。
基因组测序用的样品最好是来自于同一个个体,这样可以降
低个体间的杂和对组装的影响。大片段对此无要求。
测序策略的选择
一般都是用不同梯度的插入片段来测序,小片段
(200,500,800 )和大片段 ( 1k, 2kb 5kb 10kb 20kb 40kb )。
如果是杂合度高和重复序列较多的物种,可能要采取
fosmid-by-fosmid 或者 fosmid pooling 的策略。
不言而喻,后者花费是相当高的。
基因组组装
组装相关综述:
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推荐)
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纠错软件:
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组装软件比较
Salzberg, S. L., A. M. Phillippy, et al. (2012). "GAGE: A critical evaluation of genom
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