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基因组测序、组装与分析总结PublicLibraryofBioinformatics.doc


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基因组测序、组装与分析总结 Public Library of
Bioinformatics
文章目录
获取基因组大小
杂合度估计
问题的,某些物种取样本身就
是一个挑战的问题。
基因组测序用的样品最好是来自于同一个个体,这样可以降
低个体间的杂和对组装的影响。大片段对此无要求。
测序策略的选择
一般都是用不同梯度的插入片段来测序,小片段
(200,500,800 )和大片段 ( 1k, 2kb 5kb 10kb 20kb 40kb )。
如果是杂合度高和重复序列较多的物种,可能要采取
fosmid-by-fosmid 或者 fosmid pooling 的策略。
不言而喻,后者花费是相当高的。
基因组组装
组装相关综述:
Li, Z., Y. Chen, et al. (2012). "Comparison of the two major classes of assembly algorithms: overlap-layout-consensus and de-bruijn-graph." Brief Funct Genomics 11(1): 25-37.
assembly." Genome Biol 13(4): 243
Baker, M. (2012). "De novo genome assembly: what every
biologist should know." Nat Methods 9(4): 333-337. (重点
推荐)
Compeau, P. E., et al. (2011). "How to apply de Bruijn graphs to genome assembly." Nat Biotechnol 29(11):
987-991.
Birney, E. (2011). "Assemblies: the good, the bad, the
ugly." Nat Methods 8(1): 59-60.
Schatz, M. C., et al. (2010). "Assembly of large genomes using second-generation sequencing." Genome Res 20(9): 1165-1173.
纠错软件:
Kelley, D. R., M. C. Schatz, et al. (2010). "Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors." Genome Biol 11(11): R116.
组装软件比较
Salzberg, S. L., A. M. Phillippy, et al. (2012). "GAGE: A critical evaluation of genom

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  • 时间2022-01-25