lammps初学者in文件资料中文解析汇报.doc

word
word
标准文档
word
Lammps初学者——in文件中文解析
〔1〕初始化
Units：
Units命令是用来设定模拟的原子类型。
Units style〔lammps现在提供的有style=LJ、rel、enthalpy、
Evdwl、ecoul、epair、ebond、eangle、edihed、eimp、
Emol、elong、etail、
Vol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、
Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、
Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、
Fmax、fnorm、
Cella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、
c_ID、c_ID[I]、c_ID[I][J]、
f_ID、f_ID[I]、f_ID[I][J]、
V_name
Dump：
Dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。
word
word
标准文档
word
Dump ID group-ID style N file args
ID：自己给这个dump命令定义的一个代号〔自定义〕
group-ID：那些信息需要被输出的原子群〔预先定义好group〕
Style：类型
N：每经过多少时间步输出信息
File：输知名称
Args：相关参数〔每个类型不同〕
Restart：
〔4〕运行
Run：
Minimize：
例一
units metal # 单位为lammps 中的metel 类型
boundary p p p # 周期性边界条件
atom_style atomic # 原子模式
region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小
create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子
create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子
pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型
pair_coeff * * # EAM 势文件名称
run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算
word
word
标准文档
word
variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能
variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数
print "the number of atoms & system energy now are $N $E" # 打印信息
create_atoms 1 single # 在该位置插入一个原子
min_style sd # 能量最小化模式，sd
minimize -12 -12 1000 1000 # 能量最小化参数，指数越大最小化程度越深
print "interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E"
fix 1 all nvt 100 100 100 drag #