中缅树鼩微卫星分子标记的筛选及特征分析.pdf

硕士学位论文学校代码:10023学号:s2008“5中缅树韵微卫星分子标记的筛选及特征分析IsolationandcharacterizationofMicrosatelliteMarkersinTreeShrews(坳j幽-)所院医学生物学研究所姓名李婧潇指导教师:孙晓梅导师小组:代解杰唐东红学科专业:动物学研究方向:医学实验动物学完成日期:2011年5月中国医学科学院&北京协和医学院硕士研究生毕业论文目录、删必摘要?????????????????????.1前言?????????????????????.5第一部分中缅树嗣微卫星分子标记的筛选??????????..9一、实验材料与方法?????????????????9(一)实验材料?????????????????.9(二)仪器及设备????????????????.10(三)实验方法?????????????????11二、实验结果??????????????????..15(一)基因组酶切????????????????.15(二)微卫星标记的筛选??????????????.16三、讨论????????????????????17第二部分中缅树韵微卫星DNA的序列特征及其遗传多样性分析????.19一、实验材料与方法????????????????..19(一)实验材料?????????????????19(二)仪器及设备????????????????.20(三)实验方法?????????????????20二、实验结果??????????????????..22(一)等位基因组成???????????????..22(二)遗传多样性数据的计算?????????????22(三)多态性信息含量(脚。的计算??????????..22三、讨论????????????????????24小结?????????????????????.27参考文献????????????????????28论文综述????????????????????3l附录????????????????????..45致谢?????????????????????48研究生简历???????????????????.49中国医学科学院&北京协和医学院硕士研究生毕业论文摘要树晌作为新兴的医学实验动物之一,因其在进化地位上与灵长类动物较为接近,体型小,繁殖快,易驯养和饲育,以及存在诸多自发性疾病等特性,可作为某些人类重大疾病研究的动物模型,在医学生物学上己呈现出广泛的应用前景。目前,树韵已被应用于病毒、神经、免疫、肿瘤和神经性疾病的研究,但表现出对其应用研究多于基础研究的状态,遗传背景研究就更为少见,不利于实现树嗣实验动物标准化。微卫星是近十几年来发展起来的一种新的分子标记,它是指以少数几个核苷酸(1~6个)为单位多次重复的简单序列。由于微卫星遗传标记具有数量大、分布广且均匀、多态信息含量高、检测快速以及适合自动化分析等优点,已被广泛用于动植物基因图谱的构建、标记辅助选择、亲缘关系鉴定、遗传多样性评估及系统进化树的构建等。然而,当前树铜的微卫星分子标记还很少,因此,筛选出可以应用的微卫星位点是一项非常基础和重要的工作。本研究通过构建树嗣小片段插入文库,利用***标记(AC)。。序列作为探针,筛选树嗣微卫星位点,丰富了中缅树铜的特异性遗传标记,为进一步筛选大量的树鼢微卫星遗传标记奠定了基础,也为开展树鼢繁育工作与实现实验动物标准化提供一定的理论基础和遗传检测方法。提取树嗣总DNA,限制性内切酶Sau3AI酶切,回收300~1000bp之间的片段,连接质粒,转化入ToplO感受态细胞中,蓝白斑筛选后培养扩增,建立中缅树钩基因小片段插入文库。利用5’端***标记的(AC).。探针进行菌落原位杂交,从约1500个菌落中选出36个阳性克隆。对这些克隆进行测序,发现其中15个含有重复序列,其中1个为重复克隆,1个因两端序列太短而不能设计引物。用Primer3软件设计13对引物。对树驹种群进行PCR验证引物有效性,13对引物均有条带。退火温度分布在44℃到52℃之间。%,微卫星克隆率为1%。本研究所使用的***标记探针筛选树韵微卫星分子标记所得的微卫星克隆率,可达到传统放射性同位素标记探针同等的效果,并可避免放射性危害。树韵微卫星分子标记的筛选将为下一步进行基因组结构的分析、树韵遗传连锁图谱的构建、分子进化和标记辅助选择等提供大量的微卫星标记。为了进一步研究中缅树铜微卫星位点多态性特征,结合微卫星DNA标记具有高度的多态性、共显性遗传、易于PCR稳定扩增等特点,用新筛选的13个微卫星座位对32只中缅树铜进行PCR扩增及12%非变性聚丙烯酰***凝胶电泳检测微卫星DNA