freeroi 在功能磁共振roi分析中的应用(PPT).ppt

freeroi 在功能磁共振roi分析中的应用(PPT)
在应用ROI分析的研究中，ROI的确定方式主要有以下几种
根据解剖图谱确定ROI
根据功能激活区确定ROI
以确定坐标点为中心生成规则ROI
前言
打开一个termfreeroi 在功能磁共振roi分析中的应用(PPT)
在应用ROI分析的研究中，ROI的确定方式主要有以下几种
根据解剖图谱确定ROI
根据功能激活区确定ROI
以确定坐标点为中心生成规则ROI
前言
打开一个terminal
输入freeroi，键入回车，开启程序
点击File -> Open standard volume，打开一个结构像
FreeROI使用方法
FreeROI使用方法
图像区：以不同的形式呈现图像
在不同的图像显示形式间切换
导入新volume；
删除已载入的volume；
新建空白volume；
保存volume数据到文件；
FreeROI使用方法
改变volume的排列顺序；设置激活值阈限；设置volume显示颜色；显示当前鼠标选择点坐标
由脑结构图谱生成ROI
载入HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-，显示颜色为rainbow。
假设我们想针对特定脑区开展研究
选中Harvard Oxford模板
点击工具栏ROI toolset一项，弹出对话框
根据需要选择脑区，提取ROI
由脑结构模板生成ROI
基于当前的研究结果，我们还没有准确的找到大脑功能区和结构脑区之间的对应关系。
同时，结构脑区的划分程度相对较粗，一个结构脑区中可能同时包含多个功能脑区。
以上问题要求我们，要想获得更加精细的功能脑区，就需要根据功能激活图，选取ROI。
ROI的功能一致性
利用FSL选取FFA
通过以上改进，手画ROI的工作流程得到了很大改善。
为了进一步减少研究者的工作量，我们还开发出一套半自动化的ROI提取流程。
半自动化提取fROI
半自动化ROI提取流程
激活图
分割
分割结果
选择testdata，设置好激活值阈限（），点击 watershed图标（水滴图标）。
利用FreeROI提取ROI
使用分水岭算法分割激活图
在图像列表中，选中分割后的图像
点击工具栏上的ROI toolset，弹出对话框
在左侧边条中，label config center的下拉框中选择face一项，在下面的列表中，选中r_pFus。之后，我们将选择分割后的区域，并将其标记为r_pFus.
使用ROI工具提取ROI
使用ROI工具提取ROI
如果在标记时，发现选择了错误的label，可以通过ROI edit的功能对错误及时修正
选中要修改的图像（R_FFA）
在工具栏上选择ROI edit
在label config center选择要标记成的label
如要删除某个ROI，则选择 ‘0 Unknown’
若要更改某个ROI的标记值，则选择要改成的label
直接点击要修改的ROI，对其进行处理
修改ROI的值
在实际研究中，除了直接将激活区作为ROI提取出来这种研究方式外，还可能会以激活的峰值点为中心做一个规则的（小球或立方体）ROI。
优点：
相对手画ROI方法更加客观
生成规则ROI
这里，我们将前面提取的右侧FFA的peak点找到，并以它为中心，生成一个立方体的规则ROI。
提取规则ROI
从FFA的激活区中提取peak
以FFA的peak为中心生成立方体
将FFA的激活区从全脑激活图中提取出来
选中激活图（testdata），点击工具栏上intersection图标，弹出对话框。
设置如上图，点击Run运行。
生成的testdata_R_FFA中，只含有右侧FFA的激活区。
提取FFA激活区
选中激活图testdata_R_FFA，点击工具栏local max图标，弹出对话框。
设置如上图，点击Run运行。
在生产的testdata_R_FFA_lmax数据中，只有FFA的peak点
提取FFA的peak点
选中testdata_R_FFA_lmax，点击工具栏Regualr ROI图标，弹出对话框。
设置如上图，点击Run运行。
生成的新数据中，是以右侧FFA的peak点为中心，以4个体素为边长的立方体。
提取规则ROI
Face localizer
利用ROI进行数据分析
face
scene
object
scrambled
选中之前获得的R_FFA的图像，点击保存按键，可将图像保存为nifti文件，用于后续分析。
打开一个新的term