“系统进化树的制作”.ppt

Excellent handout training template
系统进化树的制作
进行完全比对
由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开;
所以此改用fasta格式保Excellent handout training template
系统进化树的制作
进行完全比对
由于后面无法用aln格式转化的meg格式打开;
所以此改用fasta格式保存并命名为cob2
选择此项可打开比对过的文件
选择邻接法NJ法构建系统发育树
设置Bootstrap值为100
设置Gap处理为两两删除
设置模型为Kimura-2-Parameter
此为原始的树
此为经过Bootstrap计算的树
并选择左边图标Place Root on Branch
选择NC 006081为外群
此为树根;即所有物种最近共同祖先
外群
树上的数字代表自展支持率;支持率越高就代表属于这一支的可能性越高;图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。
选择最大简约法MP法构建系统发育树
设置Bootstrap值为100
此为原始的树
此为经过Bootstrap计算的树
并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081作为外群
此为树根
外群
树上的数字代表自展支持率;支持率越高就代表属于这一支的可能性越高;图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。
对比NJ法和MP法做出来的树;NJ法的自展支持率相对较高;且两树中个别序列的位置也不同。
以同样的方法制作
cox1序列的系统发育树
结果如下
此为NJ法的原始树
此为NJ法经过Bootstrap计算的树
并选择左边图标Place Root on Branch选择NC 006081作为外群
此为树根
外群
树上的数字代表自展支持率;支持率越高就代表属于这一支的可能性越高;图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。
此为MP法原始的树
此为MP法经过Bootstrap计算的树
并选择左边图标Place Root on Branch选择外群
此为树根
外群
树上的数字代表自展支持率;支持率越高就代表属于这一支的可能性越高;图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。
演讲结速;谢谢观赏！
Thank you。