基因芯片技术的临床应用.doc

1 基因芯片技术的临床应用[ 关键词] 基因芯片;核酸探针序列; 应用一、基因芯片的工作原理基因芯片的工作原理与经典的核酸分子杂交方法( southern 、 northern )是一致的,都是应用已知核酸序列作为探针与互补的靶核苷酸序列杂交, 通过随后的信号检测进行定性与定量分析,基因芯片在一微小的基片(硅片、玻片、塑料片等) 表面集成了大量的分子识别探针, 能够在同一时间内平行分析大量的基因, 进行大信息量的筛选与检测分析。基因芯片主要技术流程包括:芯片的设计与制备;靶基因的标记;芯片杂交与杂交信号检测。基因芯片的设计实际上是指芯片上核酸探针序列的选择以及排布, 设计方法取决于其应用目的, 目前的应用范围主要包括基因表达和转录图谱分析及靶序列中单碱基多态位点( singlenucleotidepolymorphism , SNP ) 或突变点的检测, 表达型芯片的目的是在杂交实验中对多个不同状态样品( 不同组织或不同发育阶段、不同药物刺激) 中数千基因的表达差异进行定量检测,探针序列一般来自于已知基因的 cDNA 或 EST 库,设计时序列的特异性应放在首要位置,以 2 保证与待测目的基因的特异结合, 对于同一目的基因可设计多个序列不相重复的探针, 使最终的数据更为可靠。基因单碱基多态检测的芯片一般采用等长移位设计法, 即按靶序列从头到尾依次取一定长度的互补的核苷酸序列形成一探针组合, 这组探针是与靶序列完全匹配的野生型探针, 然后对于每一野生型探针, 将其中间位置的某一碱基分别用其它三种碱基替换,形成三种不同的单碱基变化的核苷酸探针,这种设计可以对某一段核酸序列所有可能的 SNPs 位点进行扫描。芯片制备方法主要包括两种类型: (1) 点样法:首先是探针库的制备, 根据基因芯片的分析目标从相关的基因数据库中选取特异的序列进行 PCR 扩增或直接人工合成寡核苷酸序列, 然后通过计算机控制的三坐标工作平台用特殊的针头和微喷头分别把不同的探针溶液逐点分配在玻璃、尼龙以及其它固相基片表面的不同位点上, 通过物理和化学的方法使之固定,该方法各技术环节均较成熟,且灵活性大,适合于研究单位根据需要自行制备点阵规模适中的基因芯片。(2) 原位合成法: 该法是在玻璃等硬质表面上直接合成寡核苷酸探针阵列,目前应用的主要有光去保护并行合成法, 压电打印合成法等,其关键是高空间分辨率的模板定位技术和高合成产率的 DNA 化学合成技术, 适合制作大规模 DNA 探针芯片,实现高密 3 度芯片的标准化和规模化生产。待分析样品的制备是基因芯片实验流程的一个重要环节, 靶基因在与芯片探针结合杂交之前必需进行分离、扩增及标记。标记方法根据样品来源、芯片类型和研究目的的不同而有所差异。通常是在待测样品的 PCR 扩增、逆转录或体外转录过程中实现对靶基因的标记。对于检测细胞内 mRNA 表达水平的芯片, 一般需要从细胞和组织中提取 RNA , 进行逆转录,并加入偶联有标记物的 dNTP ,从而完成对靶基因的标记过程, 对于阵列密度较小的芯片可以用同位素, 所需仪器均为实验室常规使用设备, 易于开展相关工作, 但是在信号检测时, 一些杂交信号强的点阵容易产生光晕, 干扰周围信号的分析。高密度芯片的分析一般采用荧光素标记靶基因,通过适当内参的设置及对荧光信号强度的标化可对细胞内 mRNA 的表达进行定量检测。近年来运用的多色荧光标记技术可更直观地比较不同来源样品的基因表达差异,即把不同来源的靶基因用不同激发波长的荧光素标记, 并使它们同时与基因芯片杂交, 通过比较芯片上不同波长荧光的分布图获得不同样品间差异表达基因的图谱, 常用的双色荧光试剂有 Cy3-dNTP 和 Cy5-dNTP 。对多态性和突变检测型基因芯片采用多色荧光技术可以大大提高芯片的准确性和检测范围, 例如用不同的荧光素分别标记靶序列及单碱基失配的参考序列, 使它们同时与芯片杂交, 通过不同荧光强弱 4 的比较得出靶序列中碱基失配的信息。基因芯片与靶基因的杂交过程与一般的分子杂交过程基本相同,杂交反应的条件要根据探针的长度、 GC 碱基含量及芯片的类型来优化, 如用于基因表达检测, 杂交的严格性较低, 而用于突变检测的芯片的杂交温度高, 杂交时间短, 条件相对严格。如果是用同位素标记靶基因, 其后的信号检测即是放射自显影, 若用荧光标记, 则需要一套荧光扫描及分析系统,对相应探针阵列上的荧光强度进行分析比较,从而得到待测样品的相应信息。由于基因芯片获取的信息量大, 对于基因芯片杂交数据的分析、处理、查询、比较等需要一个标准的数据格式, 目前, 一个大型的基因芯片的数据库正在构建中,将各实验室获得的基因芯片的结果集中起来,以利于数据的交流及结果的评估与分析。二、基因芯片的临床应用 1 、基因表达图谱