怎样在genbank中查找一基因的序列.doc

如何在genbank中查找一基因的序列
GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库,汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注释的DNA或RN***段。这些文件按类别分为几组:有些按照系统发生学划分,另外一些则按照生成这些序列数据的技术方法划分。目前GenBank中所有的记录均来自于最初作者向DNA序列数据库的直接提交。这些作者将序列数据作为论文的一部分来发表,或将数据直接公开。GenBank由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立,与日本DNA数据库(DDBJ)以及欧洲生物信息研究院的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库(EMBL)一起,都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。所有这三个中心都可以独立地接受数据提交,而三个中心之间则逐日交换信息,并制作相同的充分详细的数据库向公众开放(虽然格式上有细微的差别,并且所使用的信息系统也略有不同)。
GenBank数据库格式的详细说明
.gov/Sitemap/
1、ession号就可以了,ession号,ession号。
2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会:
最直接、ession号;
如果没有就需要明确两个重要的内容,即基因名称及物种信息(如果有最好是拉丁全名),基因名称尽可能详细,避免搜出一些不相关的信息;
搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索,ession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列,这样会比较可靠;.    
其他值得考虑的是,对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列,原核生物最好有起始密码子和终止密码子;
3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列?
输入这个细菌的名字直接查,一般就会找到,而且一般第一个会是全基因组序列。进入ncbi的首页,database选nucleotide,输入你的关键词,如果库里收录里就会找到。
4、如何查找基因序列?——在Genbank中寻找目的基因的实例
(1) 根据文献
如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因,而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号,那就好办了, ,在Search后的下拉框中选择Nucleotide,把Genbank ID号输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到他了。
举例说明,例如:在2003年JBC的文章(Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation)中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”,那么把“16151096”输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到该基因了(当然包括基因序列等相关信息)。
在出现了检索结果界面(下图)后,直接点击红箭头所指的 AY047586就可以看到基因的相关信息了...(呵呵,是不是有点太......easy了)
这里需要指出一下,在显示基因的页面右侧有一个Link,点击后出现一个小菜单,里面是与该基因相关的链接,很有用的