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专利名称:作为标记物用于化学疗法的tle3的制作方法
技术领域:
无
背景技术:
癌症治疗的主要困难在于为给定患者选择具有最大效能和最小毒性的化学疗法。使用(例如)免疫组织化学(IHC)对细胞表面标记物进行分析已提供了将某些癌症分为多个亚类的方法。例如,在乳癌的预后和治疗决策中考虑的一个因素是是否存在雌激素受体(ER)。ER-阳性乳癌通常比ER-阴性癌症显著更易于对激素疗法(例如他莫昔芬(tamoxifen),其在乳腺组织中用作抗雌激素)起反应。尽管这些分析有用,但其仅部分地预测乳癌的临床特征。不同癌症中存在表型差异,但当前诊断工具却无法检测。因此,业内对如何将患者按照可能的治疗来分类从而使疗效最大化仍然有很大争议(例如,乳癌参见“NIH共识发展会议声明乳癌的辅助疗法(NIHConsensusDevelopmentConferenceStatement=AdjuvantTherapyforBreastCancer),2000年11月1-3日,,,国立癌症研究所杂志专题论文(),30:5_15,2001和迪莱奥(DiLeo)等人,国际临床肿瘤学杂志(.)7=245-253,2002)。具体来说,当前没有工具可预测患者对紫杉醇治疗的可能反应,紫杉醇是具有特别不利的副作用的化学治疗药
物。业内非常需要改良的方法和试剂来将癌症分类并由此为给定患者选择具有最大效能和最小毒性的治疗方案。
发明内容
业内已确定TLE3(转导素样分裂增强子3,英特斯(Entrez)基因库编号7090)的表达与癌症对化学疗法的反应之间的关联。此关联已使用TLE3抗体和来自乳癌队列(包括经治疗和未经治疗两类患者,疗效已知)的样品来证实。本发明者也已观察到,TLE3抗体在经治疗卵巢癌患者样品中的结合与改良预后有关。因此,在一方面中,本发明提供使用TLE3作为标记物来预测患者所患癌症对化学疗法起反应的可能性的方法。在另一方面中,本发明提供使用TLE3作为标记物来决定是否对癌症患者施用化学疗法的方法。在又一方面中,本发明提供使用TLE3作为标记物来为癌症患者选择化学疗法的方法。可使用任何已知方法来检测TLE3的表达。因此,尽管已例示说明本发明方法可通过使用抗体来检测TLE3多肽,但在某些实施例中可使用一或多种业内熟知的引物来检测TLE3多核苷酸。一般来说,TLE3可结合其它标记物或临床因素(例如,癌症阶段、肿瘤大小、神经节特征、年龄等)来使用以进一步改良本发明方法的预测能力。附录简单说明本专利申请案涉及包含附录A中所呈现的表格和数据的材料。具体来说,附录A是列举多种标记物的表格,这些标记物可结合
TLE3标记物联合用于本发明方法中。所述表格包括抗体编号、母本基因名称、英特斯基因库编号、母本基因的已知别名、可用于制备抗体的肽、和用于染色的实例性抗体效价。所属领域技术人员可使用母本基因名称、英特斯基因库编号和/或母本基因的已知别名容易地获得附录A中所列来自公开数据库(例如,基因库(GenBank)、国际蛋白质数据库(Swiss-Prot)或这些数据库未来的任何衍生数据库)的每一个母本基因的核苷酸(和相应氨基酸)序列。附录A中所列每一个母本基因的核苷酸序列和相应氨基酸序列是以引用方式自这些公开数据库并入本文中。可自指定商业来源获得编号开头为S5或S6的抗体。
图1比较乳癌患者TLE3-阴性(S0643-)和TLE3-阳性(S0643+)样品的IHC图像。图2展示卡普兰-迈耶(Kaplan-Meier)复发曲线,其是使用亨兹维尔医院(HuntsvilleHospital)(HH)乳癌队列中的所有患者在基于用针对TLE3标记物产生的抗体染色进行分类后获得。分别使用TLE3-阳性和TLE3-阴性患者的复发数据来获得顶部及底部曲线。如图中所示,结合TLE3标记物的抗体与此乳癌队列中的改良预后相关(HR=,ρ具体实施例方式定义结合-在相互作用配偶体“结合”标记物时,其通过非共价直接相互作用相连。癌症标记物_“癌症标记物”或“标记物”是癌症样品中可检测到的分子实体。一般来说,标记物可为多肽(例如,TLE3蛋白
)或多核苷酸(例如,TLE3mRNA),其可指示基因(例如,TLE3基因)表达并且存于癌症样品中,例如存于癌细胞的细胞质或膜内和/或自所述细胞分泌。癌症样品-本文所用术语“癌症样品”或“样品”在广义上包括取自癌症患者的细胞或组织样品(例如,取自肿瘤、取自血流等)、可能位于体内其它位置的肿瘤源细胞(例如,血流或转移位点中的细胞)、或衍生自所述样品的任何材料。衍生材料可包括(例如)自样品提取的核酸或蛋白质、子代细胞等。在一个实施例中,癌症样品可为肿瘤样品。关联-“关联”是指可根据一个变量预测另一变量的程度,例如可根据标记物在癌症样品中的表达来预测癌症对疗法的反应的程度。可使用多种统计方法来测量两个变量之间的关联,例如(但不限于)司徒登氏(student)t-检验、费氏确切检验、皮尔逊(Pearson)相关系数、斯皮尔曼(Spearman)相关系数、卡方检验(Chisquaredtest)等。结果以传统方式表示为所测量相关系数,其中P值提供对因偶然而产生关联的可能性的测量。。,。杂交-在引物与标记物如本文所述以物理方式彼此“杂交”时,其通过非共价碱基对相互作用相连。相互作用配偶体_“相互作用配偶体”是结合多肽标记物的实体。例如(但不限于),相互作用配偶体可为结合标记物的抗体或其片段。一般来说,若相互作用配偶体以可
检测程度结合标记物并且在类似条件下不以可检测程度结合无关分子实体(例如,其它标记物),则认为相互作用配偶体可“特异性结合”标记物。标记物与相互作用配偶体之间是否特异性结合通常取决于靶标记物是否存在相互作用配偶体可识别的特定结构特征,例如抗原决定簇或表位。一般来说,应理解特异性并不一定具有绝对性。例如,业内熟知,除了靶表位以外,多种抗体通常也可与其它表位交叉反应。所述交叉反应性是否可接受取决于相互作用配偶体用于何种应用。因此,相互作用配偶体的特异性程度取决于其应用背景。一般来说,若相互作用配偶体与特定标记物结合的倾向超过与其它潜在配偶体(例如其它标记物)的结合,则其表现对所述配偶体具有特异性。所属领域技术人员能够选择出具有足够特异性程度而可在任何给定应用中(例如,用于检测靶标记物,用于治疗目的等)发挥适当作用的相互作用配偶体。也应了解,可在其它因素背景下评估特异性,例如相互作用配偶体与靶标记物的亲和性对相互作用配偶体与其它潜在配偶体(例如其它标记物)的亲和性。若相互作用配偶体对靶标记物表现高亲和性并且对非靶分子表现低亲和性,则相互作用配偶体即使缺少特异性也可为可接受的诊断用试剂。引物-“引物”是以物理方式与多核苷酸标记物杂交的寡核苷酸实体。一般来说,若引物以可检测程度与标记物杂交并且在类似条件下不以可检测程度与无关分子实体
(例如,其它标记物)杂交,则认为所述引物“特异性杂交”所述标记物。标记物与引物之间是否特异性杂交取决于靶标记物中是否存在与引物核苷酸序列互补的特定核苷酸序列。一般来说,应理解特异性并不一定具有绝对性。引物的特异性程度取决于其应用背景。一般来说,若引物与特定标记物杂交的倾向超过与其它潜在配偶体(例如其它标记物)的杂交,则其表现对所述配偶体具有特异性。所属领域技术人员能选择出具有足够特异性程度而在任何给定应用中发挥适当作用的引物。也应了解,可在其它因素背景下评估特异性,例如引物与靶标记物的亲和性对引物与其它潜在配偶体(例如其它标记物)的亲和性。若引物对靶标记物表现高亲和性并且对非靶分子表现低亲和性,则引物即使缺少特异性也可为可接受的诊断用试剂。反应-癌症对疗法的“反应”可表示任何可检测的变化,例如在分子、细胞、器官、或生物体水平上的变化。例如,肿瘤大小、患者预期寿命、复发、或患者存活时间长度等都是反应。可以多种方式中的任一种来测量反应,包括(例如)肿瘤大小的非侵入性测量(例如,CT扫描、影像增强可视化等)、肿瘤大小的侵入性测量(例如,残余肿瘤切除术等)、替代标记物测量(例如,血清PSA等)、临床病程差异(例如,测量患者生活质量、复发时间、存活时间等)。小分子_“小分子”是非聚合分子。小分子可在实验室中合成(例如,通过组合合
成方法)或得自自然界(例如,天然产物)。小分子的特征通常在于其含有若干个碳-碳键并且分子量小于1500Da,但出于本发明目的不欲使此特征具有限制性。本发明某些优选实施例的详细说明如上所述,业内已确定TLE3(转导素样分裂增强子3,英特斯基因库编号7090)在癌症样品中的表达与癌症对化学疗法的反应有关。如各实例中所述,此关联已使用TLE3抗体和来自两个乳癌队列(包括经治疗和未经治疗两类患者,疗效已知)的样品来证实。也已显示此预测模型在用于经治疗卵巢癌患者队列的多个样品时具有一致性。也已证实TLE3可用于预测对特定类型的化学疗法的反应,所述化学疗法包括涉及投与细胞周期特异性化学治疗药物(例如甲氨蝶呤和紫杉烷)的治疗。由于已知这些化学治疗药物可用于不同癌症类型,因此这些结果表明,本发明方法也可用于预测所述化学治疗药物在不同癌症类型中的效能。预测对化学疗法的反应并选择化学疗法在一方面中,本发明提供使用TLE3作为标记物来预测患者所患癌症对化学疗法起反应的可能性的方法。一般来说,这些方法涉及提供来自癌症患者的癌症样品,测定TLE3是否在所述癌症样品中表达,和根据所述测定步骤的结果来预测患者所患癌症对化学疗法起反应的可能性。在一个实施例中,预测步骤包含根据癌症样品中存在TLE3的表达预测患者所患癌症可能对化学疗法起反应。在一个实施例中,预测步骤包含根据癌症样品中不存
在TLE3的表达预测患者所患癌症不可能对化学疗法起反应。在某些实施例中,提供阴性对照样品,并且测定步骤包含检测TLE3在癌症样品和阴性对照样品中的表达水平和比较TLE3在癌症样品和阴性对照样品中的表达水平。一般来说,阴性对照样品可为不以可复现方式表达TLE3的任何样品。在一个实施例中,阴性对照样品可为不以可复现方式结合TLE3抗体的样品。在一个实施例中,阴性对照样品可为不以可复现方式产生可检测水平的TLE3mRNA的样品。在一个实施例中,阴性对照样品可得自患有TLE3-阴性癌症的患者。在一个实施例中,阴性对照样品可得自未患癌症的患者。在某些实施例中,阴性对照样品可源自与所述癌症具有相同类型的组织(例如,在提及乳癌时其源自乳腺组织)。在其它实施例中,阴性对照样品可源自不同类型的组织或甚至不同生物体或细胞系。或者或另外,在某些实施例中,提供阳性对照样品,并且测定步骤包含检测TLE3在癌症样品和阳性对照样品中的表达水平和比较TLE3在癌症样品与阳性对照样品中的表达水平。一般来说,阳性对照样品可为以可复现方式表达TLE3的任何样品。在一个实施例中,阴性对照样品可为以可复现方式结合TLE3抗体的样品。在一个实施例中,阴性对照样品可为以可复现方式产生可检测水平的TLE3mRNA的样品。在一个实施例中,阳性对照样品可得自患有TLE3-阳性癌症的患者。在某些实施例中,阳性对照样品可源自与所述癌症
具有相同类型的组织(例如,在提及乳癌时其源自乳腺组织)。在其它实施例中,阳性对照样品可源自不同类型的组织或甚至不同生物体或细胞系。可使用任何已知方法来测定TLE3的表达。在一个实施例中,可使用结合TLE3多肽(例如,TLE3蛋白或其抗原片段)的相互作用配偶体来检测TLE3多肽。例如,如下文所述,可使用TLE3抗体作为相互作用配偶体并通过使癌症样品与所述TLE3抗体接触来检测TLE3表达。在所述实施例中,本发明方法可涉及提供来自癌症患者的癌症样品,使癌症样品与针对TLE3的抗体接触,和根据抗体与癌症样品的结合来预测患者所患癌症对化学疗法起反应的可能性。在一个实施例中,预测步骤可包含根据抗体可结合癌症样品来预测患者所患癌症可对化学疗法起反应。在另一个实施例中,预测步骤可包含根据抗体不能与癌症样品结合来预测患者所患癌症不能对化学疗法起反应。在另一个实施例中,可使用一或多种与TLE3多核苷酸(例如,TLE3mRNA、cDNA或RNA)杂交的引物来检测TLE3多核苷酸。在所述实施例中,本发明方法可涉及提供来自癌症患者的癌症样品,使癌症样品与一或多种与TLE3杂交的引物接触,和根据一或多种引物与癌症样品的杂交来预测患者所患癌症对化学疗法起反应的可能性。在一个实施例中,预测步骤可包含根据一或多种引物可与癌症样品杂交来预测患者所患癌症可对化学疗法起反
应。在另一个实施例中,预测步骤可包含根据一或多种引物不能与癌症样品杂交来预测患者所患癌症不能对化学疗法起反应。在另一方面中,本发明提供根据患者所患癌症对化学疗法起反应的可能性来决定是否对癌症患者施用化学疗法的方法。在一个实施例中,决定步骤包含根据癌症样品中存在TLE3的表达来决定对癌症患者施用化学疗法。在一个实施例中,决定步骤包含根据癌症样品中不存在TLE3的表达决定不对癌症患者施用化学疗法。在又一方面中,本发明提供为癌症患者选择化学疗法的方法。一般来说,这些方法包含提供来自癌症患者的癌症样品,测定癌症样品中是否表达TLE3,和根据测定步骤的结果来为癌症患者选择化学疗法。在一个实施例中,选择步骤包含根据癌症样品中存在TLE3的表达来选择化学疗法。如各实例中所述,已证实TLE3表达与对使用甲氨蝶呤(参见图7)和紫杉烷(参见图10、12和13)的化学疗法的反应有关。业内认为甲氨蝶呤和紫杉烷是细胞周期特异性化学治疗药物(例如,参见古德曼(Goodman)和吉尔曼(Gilman),治疗学的药理基础(ThePharmacologicalBasisofTherapeutics),(ChemotherapyofNeoplasticDiseases),第51章,抗月中瘤药(AntineoplasticAgents),第11版,主编劳
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