微阵列数据分析.ppt

Analysis of microarray data
Cui Qinghua
2009-03-06
Outline
Introduction
Databases
Detection of differentially expressed genes
Clustering
Classification
ponent analysis (PCA)
Pathway and Ontology analysis
Survival analysis
Introduction
我只强调一点,基因芯片数值反应的是mRNA的丰度(abundancy),因此,可以在一定程度上反应基因的表达水平。
Biological Question
Sample Preparation
Data Analysis & Modelling
Microarray Reaction
MicroarrayDetection
Taken from Schena & Davis
Microarray总流程
应用
差异表达基因检测(不同组织、不同时间、不同条件等)
基因联合调控
疾病诊断
基因功能鉴定
药物筛选和新药开发
应用:以人类疾病为例
神经系统:肿瘤、aging, CNS炎症、多发性硬化、老年痴呆、精神分裂症、癫痫、帕金森病等;
呼吸系统:肺癌、支气管哮喘、原发性肺动脉高压、肺间质纤维化、结节病等;
消化系统:肿瘤,肠炎等
其他:造血系统疾病、传染性疾病、生殖系统疾病以及泌尿系统疾病等
s1 s2 s3•••••••• sj ••••• sM
g1
g2
•
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•
gi
•
•
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•
•
gN
gene profile
array profile
Gi
Aj
Microarray data matrix
Mi,j
Databases-三大基因表达数据库
美国国立生物信息中心NCBI的Gene Expression Omnibus数据库(GEO, .gov/geo/)
Databases-三大基因表达数据库
欧洲生物信息学研究所EBI的ArrayExpress数据库(/microarray-as/ae/)
Databases-三大基因表达数据库
美国斯坦福大学的SMD数据库(http://genome-/)