富含半胱氨酸多肽序列和结构分析.doc

富含半胱氨酸多肽序列和结构分析姓名 学号 组号 日期 年月日1)研究背景1)搜索网络资源和文献数据库, 了解植物抗菌肽的种类和特点, 其中富含半胱氨酸的抗菌肽的序列、结构和功能特点。2)搜索网络资源和文献数据库, 了解蜘蛛***的种类和特点, 其中富含半胱氨酸的蜘蛛***的序列、结构和功能特点。3)搜索网络资源和文献数据库, 了解金属硫蛋白的种类和特点, 说明半胱氨酸在金属硫蛋白中的作用。2)序列比对1)从PDB数据库下载虎纹捕鸟蛛*** -I(Huwentoxin–I)1QK6和美洲商陆抗菌蛋白 1DKC氨基酸序列,用needle程序进行序列比对,将结果填入下表:Sequence Length Score1QK6/1DKCIdentity(%)Similarity(%)Gap(%)从PDB数据库下载以下几种已知结构的多肽***的氨基酸序列, 进行多序列比对;根据其结构特征,调整比对结果。Code Name Source Activity1AXH Atracotoxin-HVI Funnel-webspidertoxin1HWT Huwentoxin-I Chinesebirdspidertoxin1AGG Omega-agatoxin-Ivb Funnel-webspidertoxin1EIT mu-agatoxin-I Funnel-webspidertoxin1VTX delta-Atracotoxin-HVI Funnel-webspidertoxinInsecticidaltoxinNeuromusculartransmissionblockerP-typecalciumchannelantagonistDiverseionchannelspecificitySodiumchannelblocker1OMNOmega-conotoxin-MVIIcMaguscone P-typecalciumchannelantagonist1OMGOmega-conotoxin-MVIIaMaguscone P-typecalciumchannelantagonist1GURGurmarin Gymnemasylvestre Sweettasterepressor检索UniProt/Swiss-Prot数据库中以I型人金属硫蛋白(humanmetallothionein),进行多序列比对,并创建序列图标(SequenceLogo),说明其保守序