如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树.doc.doc

如何用 MEGA 和 构建进化树 MEGA 是一个关于序列分析以及比较统计的工具包,从 版本到后来的 版本一直都广为大家熟悉,现在推出了 版本。功能比以前多有改进。现主要介绍使用 Mega 构建系统进化树的方法。供大家参考。用 MEGA 构建进化树有以下步骤: 1 、测序: 将克隆扩增测序得到的 16S rDNA 序列进行测序。 2、 NCBI 上做 Blast .gov/blast/ 找到相似度最高的几个序列,确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属,如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是 Blast 到的那个, 然后寻找相似性最高的细菌, 通常把该属的序列( Fasta 格式文件) 下载下来, 或点击 GenBank 登录号, 复制 FSAT A 格式,整合在一个*.txt 文档中(单独建立一个文件夹存放,后面的很多文件会自动装入该文件夹) ,如> XXXX TTAGCTTAGCGGCG GAAAGGA TTGCGCTAA TAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGG >gi|289469964|gb|| obacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence TATTAGTGGGGGACAACA TACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGG TAC CAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA …………………………. 参考序列选择注意事项: 1 、不选非培养(unclutured) 微生物为参比; 2、不选未定分类地位的微生物, 最相近的仅作参考;c, 在保证同属的前提下, 优先选择 16S rDNA 全长测序或全基因组测序的种; d ,每个种属选择一个参考序列,如果自己的序列中同一属的较多,可适当选择两个参考序列。 3、使用 进行序列比对打开压缩文件 ,运行其中的 clustalx .exe 文件,如图: 点击 File/load sequences ,将整理好的*.txt 序列文件导入 ,如图接着点击 Alignment/plete Aligment 程序自动运行, 得出结果, 自动输出*.aln 和* .dnd 为后缀的两个文件, 并自动存入你*.tx t 文件所在的文件夹内。序列比对也可以直接用 MEGA 来做。 4 、运行程序 MEGA ,如下图所示: 点击: File 导入 Clustal 程序得到的*.aln 文件。再点 File / Convert to MEGA Format ,打开转换文件对话框,从目的文件夹中选中 Clustal 对比分析后所产生的* .aln 文件,转换为* .meg 文件。转换时一路确认相关界面。最后查看 meg 序列文件最后是否正常, 命名新文件存盘保存*. meg 文件, *. meg 文件会和 aln 文件保存在上述*.txt 同一个文件夹中。 5、关闭转换窗口,回到主窗口,现在点面板上的“ Click me to activate a data file ”打开刚才的*. meg 文件。如果为核酸序列,选择“ Nucleotide sequence ”,点击“ OK ”,得到以下图示。选择默认的 Standard ,点击 OK 后,如图所示。点击程序中的,可以得到下图在另外一个窗口内,出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标, 可对所选择的序列进行编辑,完成后点击 close 即可。序列编辑完成后,可进行保存,点击保存后出现以下界面,点击 ok 即可。构建进化树的算法两类主要方法简要说明: 独立元素法( discrete character methods )是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/ 氨基酸的状态决定的(例如:一个序列上可能包含很多的酶切位点,而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的, 也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态,当多个序列进行进化树分析时,进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了)。距离依靠法( distance methods ) 是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法( Maximum Parsimony methods )和最大可能性法( Maximum Likelihood methods ) ;距离依靠法包括除权配对法( UPGMAM )和邻位相连法( Neighbor-joining )。(1) phy