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ANTHEPROT 简单使用说明
生物技术 2002 房磊 021402144
生物的化学，就是蛋白质与核酸的化学。 对蛋白质的研究是生物化学领展望蛋白二级构造所获取的结果文件格式： *.CNS；序列能够从 ANTHEPROT 编写窗口以键盘输入，或许以 *.SEQ 等文件格式载入，也能够从其余文件复制粘贴到编写窗口。最简单的序列格式为
Pearson/Fasta格式，为文本格式文件，带有 >开始的为序列蛋白的名称，后来即是蛋白序列。下边为一个此格式的例子：
>MBN
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADV AGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDL
KKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHA TKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGD
FGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
程序支持的一些编写功能以下：
撤消，恢复（ Undo）：Ctrl+Z 。
查找 Ctrl+T 。
支持复制与粘贴。
能够自定义字符颜色，背风景与打印字体。
可打印序列文件。
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输入或载入序列后，便同时翻开了一个图像窗口，以彩图的形式显示出蛋白序列。不一样的蛋白残基以不一样的颜色表示。 下边即是翻开一个序列后的主程序窗口的例子：
二．工具栏与基本功能
当序列格式辨别后， Methods 菜单便被激活， 相应的快捷按键也出此刻工具栏中。假如序列格式未能辨别则不会出现下列图中新的工具按钮。
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这些按键挨次为：
翻开文件按键
储存文件按键
打印按键

；
；
；
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改正字体与格式按键
改正设定颜色按键
进行蛋白序列二级构造展望

；
；
；
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在蛋白序列中查找切合 PROSITES 数据库的特点序列 ；
绘制出蛋白序列的所有理化特征曲线 ；
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在 Internet 或当地蛋白序列数据库中查找近似序列计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分构成

；
；
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计算蛋白序列滴定曲线与等电点 ；
选定一个片段后，绘制 Helical Wheel 图 ；
进行点阵图（ Dot Plot ）剖析 ；
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计算信号肽潜伏的断裂位点
翻开一个简单的帮助文件

；
；
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退出程序 。
三．基本剖析工具介绍
除了经过单击快捷按键的方式进行各样蛋白序列剖析，经过菜单进行各样操作也特别方便。下边让我将一些主要剖析工具的功能介绍一下：
1. 点阵图（ Dot Plot ）
Dot Plot 剖析方法对以下剖析工作特别实用：
在一条序列内查找重复序列；
在 2 条序列中不一样地点查找近似片段；
在不一样序列中查找同源性。
只有当程序载入一条序列时， 才能够激活 Dot Plot 程序，选择菜单命令 Dot
Plot 或单击按键 ，运转 Dot Plot 程序，可再选摘要进行比较的第二条序列。
而后，再确立参数与限制条件，包含：
窗口尺寸：挪动片段的长度
矩阵：选择代替矩阵
下列图为含有两个蛋白酶序列的点阵图，两个酶拥有同源性，因为由点阵图
能够看到，基本上有特别好的斜线。但因为此斜线的地点开始于地点 115，很简单知道，水平轴的蛋白序列含有前体（由 1 到第 114 个残基构成），也清楚地看到，它们拥有一个小的内部重复片段（图上特别短的红线） 。
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