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基于多组学分析高盐饮食诱导的大鼠高血压靶器官损伤机制.pdf


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】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。:..基于多组学分析高盐饮食诱导的大鼠高血压靶器官损伤机制丁瑞丰1,朱嗣博2,周新丽q(,上海200093;,上海200438)摘要:通过高盐饮食的方式构建了高血压大鼠模型,基于高通量测序技术探索了高血压靶器官(心室和心房、肾皮质和髓质、结肠)的潜在损伤机制以及高盐饮食对肠道微生物群的影响。,在对高血压靶器官的转录组数据分析中发现了一系列失调的差异转录因子,16SrRNA测序结果显示大鼠肠道菌群的组成发生了改变,通过功能分析发现了这种变化与微生物组代谢功能失调密切相关。通过共表达分析,进一步探讨了基因组和微生物组之间的串扰在高血压发展中的潜在机制。综上,本研究提供了在治疗高盐饮食诱导的高血压心一肾一肠损伤相关的候选关键基因和肠道微生物群,多组学分析可能是了解基因表达模式和疾病发展的关键方法。关键词:高盐饮食:高血压:靶器官损伤:高通量测序;肠道菌群中图分类号:;:1673—1689(2023)09一0099—14DOl:—SaltDietinRatswithHypertensionBasedonMulti—OmicsAnalysisD删GRM驴?n91,ZHU5i602,{j日DUX;n屁q(,UniVersi够ofShanghaiforScienceandTechnology,Shanghai200093,China;“feSciences,Fudanu_nivers姆,Shanghai200438,China)Abstract:—throu曲putsequencingtechnology,ans(,colon)—-,thisstudyproVidescandidatekeygenesandtheintestinalmicrobiomeassociatedwiththetreatmentofhigh—saltdiet—induced收稿日期:2022一01—05修回日期:2022—02—23+通信作者:周新丽(1979一),女,博士,教授,博士研究生导师,主要从事食品与分子机制研究。E—mail:zjulily@食品5生物拔求学报2023年第42卷第9期_殂万方数据:..■■■墨团圈田圈引№鼬”eng'eh|:豢燕箩勰昌罱裂酱勰:hypertensionandhean—kidney——:high—saltdiet,hypertension,aninjury,high—throu曲putsequencing,%[1】。心脏、肾脏是主要靶器官,,最终导致功能健康雄性Sprague—Dawley(SD)大鼠(12只,4衰竭M。高盐饮食已被确定为引起高血压的独立危周龄,体质量(170±5)g):上海斯莱克实验动物有限险因素,长期的高盐饮食会导致体内钠潴留、外周责任公司提供。实验中对实验动物的处置均遵守《关于善待实验动物的指导性意见》规定(动物实验血管阻力增大和血容量升高[4]。随着我国经济的发伦理审核编号:SZY一201601007)。展,居民饮食结构发生明显改变。食盐的摄人量提普通标准饲料(SFS9112)、定制高盐饲料(普通高到了约10g/d,远高于世界卫生组织推荐的5g/d标准饲料基础上含质量分数8%NaCl):江苏省协同的摄盐量『5]。研究表明,摄盐量每增加2g/d,可使血医药生物工程有限责任公司提供。压升高1~2mmHg|61。除此之外,、冠状动脉血管周围SW—CJ一2D双人单面净化垂直送风工作台:苏纤维化,双心室缺血和心室舒张功能异常等一系列州净化设备有限公司产品:UltraPureUF除热源型器官功能障碍【7。9]。超纯水机:上海和泰仪器有限公司产品;SorvaUST8肠黏膜是吸收过量盐分的主要部位,过多的摄台式离心机、NanoDrop惴2000分光光度计:北京赛盐量会破坏肠道微生物群的稳态并上调高血压特默飞科技有限公司产品;Agilent2100Bioanalyzer生征菌群等有害菌丰度呻引。一项临床研究发现,减少物分析仪:美国Agilent公司产品;BP98A无创血压膳食盐的摄人会增加高血压患者体内与血压下降仪:日本Softron产品。有关的短链脂肪酸(short—chainfattvacid,SCFA),而大部分SCFA都来源于肠道微生物代谢,,在适应性喂养一周后随机分成两组,每组响[13]。一些研究则发现在高盐饮食及高血压的作用6只:NC组(空白对照组,喂养普通标准饲料)、HSD组(高盐饮食组,喂养含质量分数8%)。所有大鼠允许自由饮水,并放置于昼夜光照微生物群通过免疫、代谢和神经调控等一系列途径条件为12h光照/12h黑暗、环境温度(22±2)℃、的影响『怍"1。相对湿度(30±2)%的实验动物房环境下。每4周于高通量测序技术的发展为揭示疾病的分子机同一时间测量大鼠体质量和动脉血压。连续喂养制提供了新的途径。然而,高盐饮食引起的高血压12周后,腹腔注射戊巴比妥钠(50mg/kg)对动物实靶器官损伤的潜在机制和对肠道微生物群的影响施***,待大鼠完全麻醉后放血处死。收集肾脏仍少有探究。因此,作者通过高盐饮食的方式构建的皮质和髓质组织、心脏的心房和心室组织、结肠了高血压大鼠模型,基于基因组和微生物组全面探组织和粪便样本,并立即放于液氮中速冻,随后储讨了高盐诱导的高血压大鼠靶器官损伤的分子存在一80℃冰箱用于后续高通量测序,实验总体设机制。计和分析流程如图1所示。_il{:..:基于多组学分析高盐饮食诱导的大鼠高血压靶器官损伤机帝<气宴验记录\(质量分数03%Nac毋搦<气\(质量分数8%Naclh=6】●唪jt-e≯,一毕心房心室肠适儆生韧龚1史样本◆◆l-oTuli:监需勰i锻■■_致—卜●一oMii激i皴麓=■_u㈣唰。;;罴蕞戮篡u㈣唰。;;罴蕞戮篡^^66^一Aw[r6[AA[6G6转录组测序比对大鼠参考基因组}噬因序列6srRNA高通繁测序操作分类单元聚类◆l叵戮曼。。兰酽-一一_。”._%,_1姗i薹]露¨}:……兰著。。‘--差异转录因子分析功能富集分析共表达分析物种组成分析~,并根据如下公式计算平均Transcriptase试剂盒进行cDNA扩增和文库制备,动脉压作为大鼠血压测量结果。测量前让大鼠自由随后用******@DNALibrarvPrepKitV2for饮水并在笼中休息15min以保持冷静。随后将大鼠Illumina试剂盒对DNA进行片段化、加接头和扩增的尾巴放在温度合适的尾套中,将其充气和释放多反应,使用VANTSDNACleanBeads对各阶段产物次,让动物适应这个过程。通过3~5次连续成功的进行分选,使用Agilent2100Bioanalyzer生物分析血压读数获得平均动脉压。仪对获得的文库样品进行定量分析,最终获得250~1000bp文库片段。根据定量分析结果,构建pMa鼎。BP+}(psBP-p脚)好的文库样品按照体积比1:1比例混合,送交北京式中:pMAP为平均动脉压(meanarterialpressure),贝瑞和康生物技术有限公司通过IlluminaNextSeqmmHg;pDBP为舒张压(diast01icbloodpressure),500平台进行高通量测序。测序下机原始数据使用mmHg;psBP为收缩压(systolicb100dpressure),Fastqc()和Multiqc()软件进行质控统mmHg。计,采用Trimmomatic(),()软件比对到Ensemble基因组数据库发布的脂糖凝胶电泳检查RNA的完整性,NanoDroplM2000大鼠参考基因组和基因序列Rnor6(release102),并用Agilent比对结果利用featureCounts()进行基因水平2100Bioanalvzer生物分析仪测定RNA完整值定量,得到各样本的基因表达矩阵。通过每个组织(RNAintegritynumber,RIN)。RNA质控标准为:的NC组和HSD组之问的基因表达谱差异倍数OD260舢80。。~、pRNA≥200ng/斗L、RIN值≥8。(foldchange)来鉴定差异表达基因,差异表达基因食品5生物拔井:学报2023年第42卷第9期I国咀万方数据:..■■■墨团圈雹圈引№鼬”eng'eh|:糖燕箩勰昌品裂酱勰:使用R包DESeq2进行筛选,(principalcoordinatesanalysis,PCoA)。,,随后通过比对AnimalTFDB线上工具Galaxv(/(vj一20210214)数据库进一步识别出差异表达基因galaxv/)的线性判别分析(1ineardiscriminantanalvsis中的转录因子,并进行深入挖掘分析。最后,通过Reffectsize,LEfSe)工具分析组间菌群差异。肠道菌群包clusterProfiler分析差异表达基因列表,根据GO的KEGG功能预测使用PICRUSt(ic数据库和KEGG数据库来探索其生物学功能。)软件进行分析。,采用()和R统计软件()进行统计学分析。组16SrRNA基因V3~V4区弓I物(338F:F5’一TCGTCG问差异显著性检验采用Mann—Whitnev—Wilcoxon检TACGG验,采用Spearman进行相关性分析,差异比较结果GNGGCWGCAG一3’:806R:R5’一GTCTCGTGGGCTCG表示为平均值±标准差(mean±SD),尸<。一3’)进行DNA提取和聚合酶链式反应(p01vmerasechainreaction,PCR)扩增,扩增采用KAPAHiFiHotStartReadvMix试剂盒。,合格的样品使用本研究的目的是根据长期高盐饮食诱导的高******@。。使用Agilent2100现死亡:NC组的大鼠活动情况正常,精神状态良Bioanalvzer生物分析仪对获得的文库样品进行定好;HSD组大鼠活动减少,精神状态萎靡。各组大鼠量,最终获得630bp附近的文库片段。根据定量结的体质量和血压变化情况如图2所示,与正常饮食果,构建好的文库样品按照体积比1:(空白对照组)(上海)有限公司通过Illumina显著降低,由(±1353)g降至(±)g。在Novaseq6000平台进行高通量测序。下机测序数据高盐饮食的作用下,()软件进一步处理,以97%的相在高盐饮食喂养8周后已经观察到了差异,并且在似性分类阈值来进行不同操作分类单元(operational整个研究过程中都保持了显著差异,由NC组taxonomicunits,0TUs)的聚类和物种注释,比对参(±)mmHg升至HSD组(±)照数据库为Greengenes数据库(2013release)。使用mmHg。高盐饮食造成了大鼠的体质量增长减缓和R包vegan进行肠道菌群数据的多样性分析和主坐血压显著升高,与Bier等的研究结果¨8L一致。400攀删筐300世200l/l/王/100占_———盲———1广——12时间/削叫问/周(a)体质景变化情况(b)f|fL压变化情况*表示与空白对照组差异显著(sP<),。。表示与空白对照组差异极显著(P<)。图2大鼠的体质量、:..丁瑞丰,等:●l肾皮质为了明确长期高盐饮食所导致的高血压靶器肾髓质官损伤机制,对上述两组大鼠肾脏的皮质和髓质组结肠●心室织、心房和心室组织和结肠组织共30个组织样本●心房进行了高通量测序,共测定了20207个基因的表达量。无监督学****中的主成分分析(PCA)和层次聚类分析(HCA)是转录组测序数据分析前质量控制的常用方法之一,通过二维坐标或聚类树查看样本之间的聚类情况,以判定样本的组间差异和组内差异。PCA的结果如图3(a)所示,%,%,相同b■79b■。从HCA的结果可以看出(见图3(b)),每个器官组织中的样本大致分成2个大类,大多数高盐饮食组单独形成一类,空白对照组形成另一大类。总体来说,PCA和HCA结果相互印证,均证实样本的组问差异大于组内差异。本研究比较了每个组织的基因表达谱差异以表征由高盐高血压引起的分子变化。根据基因表达谱差异倍数和显著性对基因进行筛选比较。各个器官组织的差异表达基因数如表1所示。为了更好地阐明高盐饮食对高血压靶器官损伤的潜在机制,进一步筛选了差异表达基因中的转(b)HCA录因子,如图4所示。结果表明,HSD组中结肠中的图3器官组织基因表达谱差异分析图基因^,而心房中的基因绵9J、心室中的基因勋∞J表表1各组织差异表达基因的数量达量低于NC组。&rentiallyexpressedgenesineach在多个器官组织中的表达量均低于NC组,如肾髓“sslle质中的基因纪J、尉2、纪3,肾皮质的基因胧、尉3、脚。为了解高盐饮食可能影响的细胞功能与代谢过程,本研究中对各个器官组织的组问差异表达基肾皮质441290151因分别采用了G0和KEGG进行富集分析,结果如肾髓质389204185心房58231l27l图5和图6所示。G0分类结果表明,高盐饮食所导心室3292488l致的差异表达基因在心房主要参与前体代谢产物结肠19913663和能量产生,在心室和肾皮质则主要与ATP代谢过程有关,。KEGG富集结果表明各器官组响,本研究中通过16SrRNA基因测序分析了各组织的差异表达基因与多种代谢过程密切相关,在心大鼠肠道微生物群结构组成情况。如图7(a)所示,房和肾皮质主要与三羧酸循环有关,肾皮质和髓质两组大鼠肠道菌群在门水平上主要由拟杆菌门的差异表达基因主要与丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门代谢有关,心房和结肠的差异表达基因与胆固醇代谢(Proteobacteria)和蓝细菌门(Cvanobacteria)构成。有关。Yang等的研究结果表明,厚壁菌门和拟杆菌门丰度食品5生物拔井:学报2023年第42卷第9期I圈万方数据:..GroupGmupZ}■”。繁●■胁1.■Hj2hinHsDHes6。HighinHSD-秽,n骶器』以”■w;■j。hT,Nrldio■Hi;hinNcPlscH—n’一。珏c22ai—?卅口嗣_15搿i。1’王fpl80¨刁p9iNnN【』砌以o厶,(一Atoh8—UZBctz2bfdiZhx3zo芑oUUZ同。芑oUUZ卅。芑oo一凸∽卜I×o七oosoxi7聊go∽}I×。1Joo∞i}t{&lId3\{d2HsnGroupGmupnFsxciD6口■HsDSiml■c乜』nNn砌M。厶h_NridiTypezfp9】.Hi譬hinHSDCk6口”■HighinNcEDasj一UZ三一声它。叫占UZ三一j它。叫占UZ三一;p。苫—·Csdc2—o∽Z兰jp3芝Nn0∽Z当jp3暑bo∽工BI—j焉至.!}髓6u皿h_UZUZg矿·.【UZ暑;H扫《g;一暑《E:E<一0∽}{暑;=_l《N口∽=暑:1J:l《n口∽}{基==_《(c)心房妒。_黼黜Ybxl—ps3‘m。s嬲印¨戳D胁10NCCa^sDi麓¨NnNn筋躺印“s,ni戮∞i。脚n■Hi曲inHsD”n■Hi曲inHsD”Hi曲inNC9够o臭H一UZUZUZ,一n5nno∽}Io∽}lNN∞o>_UZo—oIJ售o>o—uI』苦o≯o—uIJ_岛m>¨一o∽}王013=1um≯o—oH扫口m≯o一皇暑口脚≯—UZ皇oIoUUZ岛。一oUcoIoU_【o∞}I=o—oUo∞}{皇oIoUo∞王=o—oU(d)心。’!(e)(F/B值)升高是高血压肠道菌群失调的标越大,代表样本菌群多样性越丰富。样本的理一多样志【19]。如图7(b)所示,在本研究中高盐饮食组大鼠性指数(ACE指数、Cha01指数、Shannon指数、相比于空白对照组大鼠的厚壁菌门和拟杆菌门丰Simpson指数)具体数值如表2所示,高盐饮食会使度的比值显著升高,反映了在高盐饮食及高血压的大鼠的肠道菌群丰富度和均匀程度略微降低,但是影响下大鼠肠道菌群组成结构的改变。Shannon指数、Simpson指数、ACE指数与NC组差a一多样性能够反映出样品中微生物群落的丰异不显著,Cha01指数显著下降(P<),本研究结富度和均匀程度。Shannon指数和Simpson指数可果表明了高盐饮食对大鼠的肠道菌群丰富度和均定量评估样本中菌群丰富度和均匀程度,Shannon匀程度有影响。指数越大或者Simpson指数越小则代表样本菌群多进一步比较高盐饮食对大鼠肠道菌群组成的样性越高。ACE指数与Cha01指数类似,通过统计影响,本研究中采用PCoA比较了两个实验组在门、样本中0TUs数量来对样本多样性进行评估,其值属水平上微生物组成的菌群多样性差异。:..丁瑞丰,等:基于多组学分析高盐饮食诱导的大鼠高血压靶器官损伤机帝—P值(一19)——P值(19)Gotr-·m5051015KEGGpathwny0123oxjd¨t-、““'chond吨llIc印inltorychainctmlplcx:Isscmbl,tlyptophanmctabolisnlribosom:IlsmallxubunitassembI、cjIr}I”c)ck(TCAcyck)ATPsyntlhesiscoupledprotontranspol-tPPARsignaIlngpathwayencl譬)coupkdplotont-nn5pon,tandmP伯boljsmnlaninP,as"rfatPglu抽mntP(a)肾皮质——P值(19)(a)肾皮质GOtermsO12345KEGG一P值(一lg)0123pathM)regulationofbloodcoagulationandalanine,nspaltateglu妇nln¨me协boI“m盹譬ulationofhemosta“5mediatororTRPchanncIsin订ammaforyrc譬uIationrcsponsctohypoxiap53signalingpathwa)r。gulatif'nofcoagulatiIInamjnosugal.:Indnucleotidesu譬a.-mc协bIlI“mcircadhnrh、.thmofinl-(b)肾髓质(b)肾髓质——P值(19)GOtermsO5101520KEGG一尸值(19)pathw2I、gener:,nofpl’ecunIllmetab(·litc‘andenerg,citrn¨。)’cIc(TcA。ycIc),~ulfurcI'mptⅢndmct:lh·'x~oxidativ。ph08pho”)Iationpulinenuclcosidcbi叩ho叩hatcmchboli‘ssmct}IboIismp)ruvntclibonucleosidebi叩hosphafemetaboli‘ssmct:IboIism“tt)acida。)’l-CoAme协boli‘.pl’occsschoJcs把roJme“IboJj“m(。)心房~尹一P值f】g)(c)心房Goterms05101520一P值(Ig)KEGGpnth’v:l,O12ATPmet汕oIio”ocessb讪5ynthcs讧ofml~扎tulatednIt|yaci出oxidatlvephospho呵hfionpha譬osome‘ytoplnsnlictlansIntionht“acidmctabolhm舭nemtiIm¨urxormc“blJlitc*cr譬yPPARsj譬nann譬”-essanda¨hel’oscIeros畦mitochondr㈨rcspiratol‘plPxnsscmblyHIF-lsigⅡali“gpathw“y(d)心室尸值(】g)——P值(一Ig)Gotel·ms0246012……………~ce¨ularm(,dincdnmin('ncidmetnbo¨,{lttyacIdbiosynthc蓟sfjlttyjlcId‘IcliV;lct:sxcarbohydllatcdigcKtionandnhsI¨‘ptionIMPmet:Ib0¨cpr(,cessaI-’st:Inoidmet‘Ib0Iicprocesscholesterolmetabo¨sm(e)结肠(e):..【:三1Tene“cutesSp而chaetes—■ProteohaPteriaLFirmicutes_Elusimicmhia_CvanobacteriaIBa(·temjdetPs_ActinohacteriaN(:组HSD组样卣组别(a)门水平卜微牛物茼群相对丰度(b)厚壁茼门与拟杆菌门_}

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